HER2靶向新辅助治疗患者应答纵向多组学特征

数据集获取

源站：https://doi.org/10.48723/js80-sx29

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含来自随机II期PREDIX HER2临床试验（NCT02568839）入组的早期HER2阳性乳腺癌患者的纵向多组学图谱。该研究比较了新辅助治疗多西他赛、曲妥珠单抗和帕妥珠单抗（DHP）与曲妥珠单抗美坦新（T-DM1）的疗效。该数据收集的主要目的是监测HER2靶向治疗期间的肿瘤演化和肿瘤微环境动态。数据材料与收集：该数据集包含来自患者样本在不同时间点采集的多组学数据：治疗中（新辅助治疗两个周期后）和治疗后（新辅助治疗六个周期后）。方法与检测：使用多种高通量技术进行了全面的分子表征。这包括全外显子组测序（WES）以识别体细胞突变和基因组改变，RNA测序（RNA-seq）用于批量转录组分析，以及蛋白质组学以监测蛋白质丰度。

此外，使用Xenium In Situ平台进行了基于成像的空间转录组学分析，以绘制肿瘤微环境的空间组织；请注意，Xenium空间数据仅适用于治疗中时间点。数据集包括以下内容：1) RNA-seq/sequencing_batch/Sample.fastq.gz 文件夹，包含来自RNA-seq的原始双端FASTQ文件。每个肿瘤样本在测序样本/泳道索引组合中进行了多重标记。文件名以项目-样本ID开头，并包含R1或R2，分别表示正向和反向读段。2) WES/sequencing_batch/Sample.fastq.gz 文件夹，包含来自RNA-seq的原始双端FASTQ文件。文件名以项目-样本ID开头，并包含R1或R2，分别表示正向和反向读段。3) Xenium_5k 每个子文件夹包含由Xenium Ranger分析流程为单个组织切片生成的标准化、未压缩输出目录。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。