人类视网膜母细胞瘤空间转录组图谱
该数据集是一个基于空间转录组学技术构建的人类视网膜母细胞瘤基因表达图谱，包含来自视网膜和肿瘤组织的空间分辨基因表达数据，揭示了肿瘤内10个转录异质亚群及其微环境组成，主要用于研究视网膜母细胞瘤的肿瘤异质性、细胞间通讯网络和恶性进展机制，为癌症生物学和精准医疗提供重要资源。
基本信息
资源简介
人类视网膜母细胞瘤空间转录组图谱
【一句话概览】
本研究利用空间转录组技术分析人视网膜与视网膜母细胞瘤（RB）肿瘤，以解析空间细胞间通讯网络。结果显示RB具有高度瘤内异质性，包含10个转录上不同的亚群，增殖能力各异。肿瘤微环境主要由视锥前体细胞、胶质细胞和癌相关成纤维细胞构成。研究还描绘了RB恶性进展的细胞轨迹，识别了驱动遗传调控的关键信号通路，并探索了介导RB亚群间通讯的信号通路，绘制了亚群与区域邻近的空间网络。该研究构建了首个RB空间基因图谱，为理解RB进展中的复杂空间通讯提供了新见解（来源 explore.data.humancellatlas.org）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Spatial transcriptomic profiling of human retinoblastoma》。
【数据内容】
源站原始描述：Retinoblastoma (RB) represents one of the most prevalent intraocular cancers in children. Understanding the tumor heterogeneity in RB is important to design better targeted therapies. Here we used spatial transcriptomic to profile human retina and RB tumor to comprehensively dissect the spatial cell-cell communication networks. We found high intratumoral heterogeneity in RB, consisting of 10 transcriptionally distinct subpopulations with varying levels of proliferation capacity. Our results unco…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：视网膜母细胞瘤（RB）是儿童中最常见的眼内恶性肿瘤之一。了解RB中的肿瘤异质性对于设计更好的靶向治疗至关重要。在此，我们利用空间转录组学对人类视网膜和RB肿瘤进行了分析，以全面解析空间细胞间通讯网络。我们发现RB中存在高度的瘤内异质性，由10个转录上不同的亚群组成，其增殖能力各不相同。我们的结果揭示了肿瘤微环境的复杂结构，其主要由视锥前体细胞以及胶质细胞和癌症相关成纤维细胞组成。我们描绘了RB恶性进展背后的细胞轨迹，并确定了在RB进展过程中驱动基因调控的关键信号通路。我们还探索了介导RB亚群间细胞间通讯的信号通路，并绘制了RB亚群与区域邻近细胞的空间网络。总之，我们构建了首个RB空间基因图谱，使我们能够表征空间解析的RB亚群的转录组景观，为RB进展中涉及的复杂空间通讯提供了新的见解。
【主题与分类】
主题标签：retinoblastoma、spatial transcriptomics、Homo sapiens、eye、retina、Visium Spatial Gene Expression、tumor heterogeneity、tumor microenvironment。
【获取与许可】
源站页面：https://explore.data.humancellatlas.org/projects/1662accf-0e0c-48c4-9314-5aba063f2220
下载信息
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暂未开放有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://explore.data.humancellatlas.org/projects/1662accf-0e0c-48c4-9314-5aba063f2220
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集是一个人类视网膜母细胞瘤（RB）的空间转录组学数据集，通过空间转录组技术对人类视网膜和视网膜母细胞瘤肿瘤进行基因表达谱分析，以全面解析肿瘤的空间细胞间通讯网络。数据集揭示了RB肿瘤内的高度异质性，包含10个转录特征不同的亚群，并识别了肿瘤微环境的主要组成，如视锥前体细胞、胶质细胞和癌症相关成纤维细胞。此外，数据集还描绘了RB恶性进展的细胞轨迹，识别了关键信号通路，并构建了RB亚群与邻近区域的空间网络图谱。该数据集为RB研究提供了首个空间基因图谱，有助于深入理解RB进展中复杂的空间通讯机制，为靶向治疗设计提供新见解。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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