Luminal A或Luminal B亚型乳腺癌患者基因组变异研究

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT04403984

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

条件：乳腺癌。HE10A/13研究是希腊肿瘤协作组（HeCOG）的一项观察性研究。其主要目的是收集患者的生物材料，以寻找预后/预测性生物标志物。每位患者均签署了知情同意书，同意提供生物材料用于未来研究目的。该研究按照《赫尔辛基宣言》进行。临床和转化研究方案已获得希腊肿瘤协作组科学委员会的批准，目前正在接受Metropolitan Hospital机构审查委员会的审查。仅限患有Luminal A型或Luminal B型（雌激素受体（ER）阳性，伴或不伴孕激素受体（PgR）阳性，HER阴性）乳腺癌的患者，且接受过辅助化疗，伴有阳性淋巴结；或淋巴结阴性但肿瘤分期或病理特征根据Saint Gallen指南提示高风险，或基因组检测结果支持进行辅助化疗的患者，符合本研究的注册条件。

在研究注册之前，每位患者均签署了知情同意书，同意提供生物材料用于研究目的。将使用原位或分子方法在福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肿瘤切片中检测潜在的生物标志物。对于肿瘤亚型分型，将进行ER、PgR、HER2、Ki67的免疫组化检测，并在需要时进行荧光原位杂交（FISH）以评估HER2状态；进行表皮生长因子受体（EGFR）和CK5检测以对基底样肿瘤进行分类；还将评估肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）上CD8、CD3和FOXP3的表达。此外，将通过应用DNA/RNA下一代测序（NGS）技术，评估希腊乳腺癌女性的突变谱（包括可靶向的基因组改变）和免疫反应相关谱，并结合患者结局进行分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。