GSE328288：面向更具转化性的肿瘤模型——基于乳腺dECM的3D系统捕获原生微环境线索
当前用于侵袭性乳腺癌的3D肿瘤模型无法充分再现原生肿瘤微环境（TME），导致转化潜力不佳。亟需能够模拟TME中独特生化信号的模型
基本信息
资源简介
GSE328288：面向更具转化性的肿瘤模型——基于乳腺dECM的3D系统捕获原生微环境线索
GSE328288 是一个聚焦于乳腺癌三维肿瘤模型构建的数据集，其英文全称为“Toward More Translational Tumor Models: Breast dECM-Based 3D Systems Capture Native Microenvironmental Cues”。该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，在本站归类于肿瘤 / 乳腺癌方向。该数据集所对应的研究关注当前侵袭性乳腺癌三维肿瘤模型在再现原生肿瘤微环境方面的不足，并探索利用脱细胞细胞外基质构建更能模拟天然微环境信号的模型体系。整体而言，该数据集围绕乳腺组织与患者来源异种移植瘤的脱细胞处理、脱细胞基质的表征，以及其与三阴性乳腺癌细胞系形成球体后的形态学表现展开，旨在为更具转化潜力的乳腺癌研究模型提供数据支撑。
【数据集背景】
当前用于侵袭性乳腺癌的三维肿瘤模型无法充分再现原生肿瘤微环境，导致其转化潜力不佳。肿瘤微环境中存在独特的生化信号，而现有模型难以有效模拟这些信号，因此亟需能够更真实反映肿瘤微环境特征的模型体系。该数据集所依托的研究正是针对这一缺口，尝试通过乳腺组织及患者来源异种移植瘤的脱细胞化处理，制备乳腺组织与肿瘤的脱细胞细胞外基质，并将其应用于三阴性乳腺癌细胞系的三维球体培养，以考察脱细胞基质是否能够捕获原生微环境线索。
【数据内容】
该数据集涉及的核心内容包括乳腺组织与患者来源异种移植瘤的脱细胞处理，以及由此获得的乳腺组织和肿瘤脱细胞细胞外基质。研究中通过组织学方法确认脱细胞乳腺组织实现了完全的细胞去除，同时保留了细胞外基质。进一步检测显示，DNA含量显著降低，而细胞外基质组成成分如 POSTN、COLI 和 FN1 得以保留。在三维培养实验中，乳腺脱细胞细胞外基质以 0、5、10 和 20 µg/mL 的浓度被加入到三阴性乳腺癌细胞系中，用于形成球体。成像和组织学结果显示，在低浓度脱细胞细胞外基质（5 和 10 µg/mL）条件下，细胞形成紧凑的单一球体，而更高浓度脱细胞细胞外基质条件下的表现则未在本数据集中完整呈现。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。研究材料包括乳腺组织和患者来源异种移植瘤，二者均经过脱细胞化处理以制备脱细胞细胞外基质。所使用的细胞模型为三阴性乳腺癌细胞系。关于样本的具体数量、患者信息、伦理审批细节以及测序或检测平台等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于乳腺癌相关研究，尤其是针对侵袭性乳腺癌三维肿瘤模型开发与评估的场景。其内容可用于探讨脱细胞细胞外基质对三阴性乳腺癌细胞球体形成行为的影响，也可用于研究肿瘤微环境模拟、细胞外基质组成保留以及脱细胞处理效果验证等方向。对于关注肿瘤转化模型、微环境信号再现以及三维培养体系优化的研究者，该数据集提供了与乳腺脱细胞基质相关的实验数据背景。
【使用方法】
该数据集可通过 ncbi.nlm.nih.gov 获取。具体的数据下载方式、文件格式、分析流程、软件工具及参数设置等，源站未提供。使用者如需利用该数据集，应参考源站所提供的原始记录与相关说明。
【质量与限制】
该数据集所涉及的研究通过组织学确认了脱细胞乳腺组织的完全细胞去除和细胞外基质保留，并显示 DNA 含量显著降低、POSTN、COLI 和 FN1 等细胞外基质成分得以保留，这些结果支持脱细胞处理的有效性。在球体形成方面，低浓度脱细胞细胞外基质条件下观察到紧凑单一球体。然而，关于更高浓度条件下的完整结果、数据集的样本规模、批次效应、重复性以及统计功效等信息，源站未提供。此外，该数据集是否涵盖其他乳腺癌亚型或更多患者来源样本，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的引用方式、许可协议、使用限制以及相关发表文献信息，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE328288
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
当前用于侵袭性乳腺癌的3D肿瘤模型未能充分再现原生肿瘤微环境（TME），导致其转化潜力不佳。亟需能够模拟TME中独特生化信号的模型。为弥补这一不足，研究人员对乳腺组织和患者来源的异种移植肿瘤进行了脱细胞处理，以制备乳腺组织和肿瘤脱细胞ECM（dECM）。脱细胞乳腺组织学检查证实细胞被完全去除，且细胞外基质（ECM）得以保留。此外，DNA含量显著降低，ECM成分（POSTN、COLI、FN1）得以保留。将乳腺dECM（0、5、10和20 µg/mL）与三阴性乳腺癌细胞系混合以形成球状体。成像和组织学显示，低dECM浓度（5和10 µg/mL）下细胞形成紧密的单一球体，而较高dECM浓度（20和50 µg/mL）则导致细胞集中在球体外缘，且球体圆度不规则。对接种于dECM中的细胞进行RNA测序显示，基因变化既受球状体中dECM加入的介导，也受dECM组成的影响。
高密度肿瘤dECM增强了与转移相关的基因，而高密度乳腺dECM则增强了肿瘤抑制因子和抗转移基因。这些发现表明，dECM作为一种转化模型，增强了对TME的包容性。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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