ESPERO 试验乳腺癌活检 Visium HD 空间转录组数据
主题标签：乳腺癌、空间转录组、Visium HD、核心针活检、ESPERO 试验、外部验证队列。本数据集为肿瘤领域公开数据集，由Zenodo提供，主题涵盖乳腺癌。
基本信息
资源简介
ESPERO 试验乳腺癌活检 Visium HD 空间转录组数据
ESPERO_trial_VisiumHD_1 是一个面向肿瘤研究、特别是乳腺癌方向的公开空间转录组数据集，采用 Visium HD 技术生成，样本来自参与 ESPERO 试验患者的乳腺核心针活检标本。该数据集在相关研究中作为外部验证队列使用，用于支撑关于乳腺癌对曲妥珠单抗德鲁替康（trastuzumab deruxtecan）耐药机制的空间转录组学发现。数据集由 Zenodo 发布，发布时间为 2026 年，采用 Creative Commons Zero v1.0 Universal 许可，主题涵盖乳腺癌、空间转录组、Visium HD、核心针活检、ESPERO 试验与外部验证队列等关键词，可供肿瘤空间生物学与临床转化研究方向的研究者获取与使用。
【数据集背景】
该数据集来源于 ESPERO 试验入组患者的乳腺核心针活检标本，其采集与整理服务于一项关于乳腺癌耐药机制的空间转录组研究。相关研究关注曲妥珠单抗德鲁替康在乳腺癌中的药代动力学屏障与肿瘤内在耐药决定因素，而本数据集在其中承担外部验证队列的角色，用于对研究得出的结论进行独立样本上的验证。数据集以 Visium HD 空间转录组数据的形式组织，属于肿瘤领域下的乳腺癌分类，由 Zenodo 平台对外发布。
【数据内容】
数据集内容为 Visium HD 空间转录组数据，采集自乳腺癌患者的乳腺核心针活检标本。Visium HD 属于高分辨率空间转录组技术，可在保留组织空间位置信息的同时获取基因表达信息，因此该数据集可用于在组织切片空间背景下考察转录组特征。数据集名称中的 VisiumHD 标识了其技术类型，ESPERO_trial 标识了其样本来源的临床试验背景。除上述技术类型与样本类型外，源站未提供关于样本数量、测序深度、基因数目、切片数量等具体数据规模信息。
【采集与来源】
样本采集自参与 ESPERO 试验的乳腺癌患者的乳腺核心针活检标本。数据集由 Zenodo 发布，发布年份为 2026 年。数据集的作者包括 Park, Changhee、Choi, Minki、Koh, Jiwon、Bae, Sungwoo、Choi, Hongyoon、Na, Kwon Joong、Kim, Yu-Jin、Ham, Sujin、Lee, Juyoun、Shin, Yoonjung、Lee, Dae-Won、Lee, Kyung-Hun、Ryu, Han Suk、Kim, Tae-Yong 与 Im, Seock-Ah。源站未提供各作者的具体单位、样本采集时间、伦理审批信息以及数据生成的具体实验流程细节。
【适用场景】
该数据集适用于乳腺癌空间转录组研究，尤其是与曲妥珠单抗德鲁替康耐药机制相关的验证性分析。由于其被定位为外部验证队列，适合用于检验在发现队列中得到的空间表达模式、药代动力学屏障相关特征以及肿瘤内在耐药决定因素是否能在独立样本中重现。此外，基于 Visium HD 的空间转录组特性，该数据也可用于组织空间结构解析、微环境区域划分以及基因表达空间分布等通用空间转录组分析场景。源站未提供针对该数据集的其他具体应用案例。
【使用方法】
该数据集以 Visium HD 空间转录组数据形式提供，使用者可按照 Visium HD 数据的通用分析流程进行读取与处理，包括空间表达矩阵的加载、组织切片图像与表达数据的配准、空间聚类与区域注释、差异表达与空间分布分析等。由于数据集被定位为外部验证队列，使用时可将其与相关研究中的发现队列结果进行对照分析。源站未提供该数据集的具体文件结构、数据格式、配套代码或分析教程，使用前需自行确认数据组织方式。
【质量与限制】
该数据集基于 ESPERO 试验患者的乳腺核心针活检标本，样本类型为活检组织，与手术切除标本在组织取材范围上存在差异，分析时需考虑活检样本的组织覆盖范围对空间分析的影响。数据集作为外部验证队列使用，其样本规模与临床信息完整度源站未提供。源站未提供质控指标、批次信息、缺失数据情况以及已知技术偏差等质量相关信息，使用者在分析前应自行开展数据质控与质量评估。
【引用与许可】
该数据集采用 Creative Commons Zero v1.0 Universal 许可，属于公共领域贡献许可，允许在符合许可条款的前提下使用、共享与再分发。使用该数据集时，应引用其发布来源 Zenodo 以及相关作者的研究工作，并注明数据集名称 ESPERO_trial_VisiumHD_1。源站未提供具体的引用格式、DOI 编号以及针对该数据集的附加使用条款，引用前建议核对发布页面的最新说明。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.21429670
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集包含从ESPERO试验入组患者的乳腺空芯针穿刺活检标本中采集的Visium HD数据。它作为外部验证队列，用于验证《空间转录组学揭示乳腺癌中曲妥珠单抗德鲁替康耐药的药代动力学屏障与肿瘤内在决定因素》一文所报告的研究结果。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
