预后不良三阴性乳腺癌患者肿瘤中抗原呈递相关通路蛋白下调

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD005544

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

三阴性乳腺癌（TNBC）是一种异质性亚型，疾病结局各异。肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在TNBC中常见，且已显示与结局相关，提示该亚型具有免疫原性成分。然而，癌细胞固有的其他因素也可能影响结局。为识别与TNBC复发相关的蛋白质和分子通路，采用TMT-HILIC-LC-MS/MS对34例福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）的原发TNBC肿瘤进行全局蛋白质组学分析。约半数患者为淋巴结阴性，并在10年随访期间无局部或远处转移，而另一半发生了远处转移。蛋白质组学分析鉴定出超过4000种蛋白质，其中63种在复发患者与无复发患者的原发肿瘤中表现出表达改变。重要的是，主要组织相容性复合体（MHC）I类抗原呈递通路中蛋白质的下调显著富集，包括TAP1、TAP2、CALR、HLA-A、ERAP1和TAPBP，并与显著更短的无复发生存期和总生存期相关。此外，参与癌细胞增殖和生长的蛋白质，包括GBP1、RAD23B、WARS和STAT1，在复发患者与无复发患者的原发肿瘤中也表现出表达改变。利用蛋白质组学在第二组包含10例原发TNBC肿瘤及相应转移灶的样本中，以及在一个包含249例TNBC和580例基底样乳腺癌病例的大型公共基因表达数据库中，验证了抗原呈递通路与结局之间的关联。我们的研究表明，抗原呈递下调是TNBC细胞逃避免疫监视的关键机制，使其能够继续生长和扩散。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。