精选TNBC单基因敲低/敲除依赖性数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23488674

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 1.4 MB。

数据说明

TNBC基因敲低/敲除（KD/KO）依赖性数据集 数据存放摘要——用于Zenodo/Figshare描述字段。随附手稿cancers-4626678，“三阴性乳腺癌：仍不可靶向？”本数据集提供了对人类三阴性乳腺癌（TNBC）细胞系中单基因功能缺失（敲低/敲除，KD/KO）实验的完整、机器可读的整理，以便独立研究组可按亚型、表型、基因或年份重新筛选证据。它是该综述优先靶点全景图背后的主要证据基础。内容 文件 描述 TNBC_KDKO_curated_dataset.csv 主数据集——来自1,687篇文章（1,795个独特基因）的4,251条基因×细胞系记录；每个基因×细胞系观察结果一行。TNBC_Tier1_160genes.csv 第1层级高置信度集合：160个蛋白编码基因，在≥2项研究和≥3个不同亲本细胞系中具有可重复的抗肿瘤KD/KO表型。TNBC_Tier1_267genes_ge2papers.csv 更广泛的集合：267个蛋白编码抗肿瘤基因，由≥2项独立研究支持（在≥3个细胞系过滤之前）。

TNBC_cellline_subtypes_Table1.csv 从六亚型TNBCtype重新分类为四肿瘤内在亚型框架的TNBC细胞系。DepMap_CRISPR_crosscheck_160genes.csv 针对25个TNBC细胞系，对160个Tier 1基因与Broad DepMap CRISPR–Cas9（Chronos）依赖性进行正交交叉核对。README.md / LICENSE.txt 文档与许可证（CC BY 4.0）。数据集概览 ● 范围：从1,687篇原始文献中整理的4,251条基因×细胞系记录；1,795个独特基因。 ● 功能类别（记录）：抗肿瘤3,170 · 致瘤443 · 增敏392 · 耐药209 · 药物靶点36。 ● 基因组成：1,518个蛋白编码基因 · 273个非编码RNA · 4个微肽。 ● 高置信度集合：160个Tier 1基因（≥2项研究且≥3个细胞系）以及更广泛的267个基因集合（≥2项研究）。 ● 关键字段：g

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。