循环肿瘤细胞表达矩阵
循环肿瘤细胞与早期胚胎滋养外胚层及转移性癌症共享RNA模块。循环肿瘤细胞（CTC）是癌症播散的载体，也是一种微创工具，可用于监测癌症演变并评估患者的治疗反应
基本信息
资源简介
循环肿瘤细胞表达矩阵
CTC expression matrix 是一个聚焦于乳腺癌循环肿瘤细胞（CTC）表达特征的数据集，由 Volinia, Stefano 提交至 Zenodo，发布时间为 2024 年，采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可。该数据集围绕循环肿瘤细胞与早期胚胎滋养外胚层及转移性癌症共享 RNA 模块这一核心发现构建，源站描述指出，循环肿瘤细胞既是癌症播散的载体，也是一种微创工具，可用于监测癌症演变并评估患者的治疗反应。数据集在站内归类为肿瘤 / 乳腺癌，来源站为 doi.org，整体内容服务于对乳腺癌循环肿瘤细胞异质性及其与胚胎组织、转移性肿瘤细胞之间分子联系的探索。
【数据集背景】
循环肿瘤细胞代表癌症播散的载体，同时也是微创监测癌症演变和评估患者治疗反应的工具。源站描述中的研究背景强调，CTC 在乳腺癌情境下具有重要临床与生物学意义。为了理解 CTC 的分子特征，研究者在乳腺癌和胚胎组织背景下，对超过 500 个高度选择的 CTC 单细胞 RNAseq 表达谱进行了研究，并通过生物信息学流程将 CTC 与肿瘤细胞及胚胎细胞进行比较。该数据集即围绕这一研究背景形成，关注 CTC 与早期胚胎滋养外胚层以及转移性癌症之间共享的 RNA 模块。
【数据内容】
该数据集名为 CTC expression matrix，核心内容为循环肿瘤细胞的表达矩阵相关信息。源站描述指出，研究分析了超过 500 个高度选择的单细胞 RNAseq 表达谱，样本背景涉及乳腺癌与胚胎组织。通过生物信息学比较，研究识别出三个主要的 CTC 亚群：上皮 A 型（CDH1+/EPCAM+）、上皮 B 型（LY6E+/EPCAM+）和间充质型（VIM+）。此外，还确定了间充质 CTC 的新标记物，例如 AXL 和 CAV1。研究进一步指出，CTC 与来自转移性淋巴结及其各自原发肿瘤的癌细胞共享一些 RNA 模块，但与癌细胞的某些其他特征不共享。上述内容构成了该数据集在表达谱层面和 CTC 分型层面的主要信息。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 doi.org，作者为 Volinia, Stefano，机构为 Zenodo，发布时间为 2024 年。源站描述提到，研究涉及超过 500 个高度选择的单细胞 RNAseq 表达谱，样本来自乳腺癌背景下的 CTC 以及胚胎组织。生物信息学程序被用于将 CTC 与肿瘤和胚胎细胞进行比较。关于具体的样本采集地点、采集时间、测序平台、建库方法、数据处理流程参数等细节，源站未提供。
【适用场景】
基于源站描述，该数据集适用于与乳腺癌循环肿瘤细胞相关的表达谱研究，尤其是围绕 CTC 异质性、CTC 亚群划分以及 CTC 与胚胎组织、转移性肿瘤细胞之间 RNA 模块比较的分析场景。由于源站描述强调 CTC 可作为微创工具用于监测癌症演变和评估治疗反应，该数据集也可能服务于探索 CTC 分子标志物及治疗反应相关研究的需求。此外，研究中识别出的上皮 A 型、上皮 B 型和间充质型 CTC 亚群，以及 AXL、CAV1 等间充质 CTC 标记物，可作为相关分子特征研究的参考信息。关于该数据集在其他具体疾病、其他癌种或临床决策中的适用性，源站未提供。
【使用方法】
源站描述提到，研究通过生物信息学程序对 CTC 与肿瘤细胞及胚胎细胞进行比较，并基于单细胞 RNAseq 表达谱识别 CTC 亚群和候选标记物。因此，该数据集的使用可围绕表达矩阵的比较分析、CTC 亚群鉴定、RNA 模块共享关系探索等方向展开。关于数据文件的具体格式、字段说明、预处理步骤、标准化方法、分析代码或软件环境等信息，源站未提供。
【质量与限制】
源站描述指出，研究分析了超过 500 个高度选择的单细胞 RNAseq 表达谱，说明样本经过筛选。研究识别出三个主要 CTC 亚群，并提出了间充质 CTC 的新标记物 AXL 和 CAV1，同时指出 CTC 与转移性淋巴结及原发肿瘤癌细胞共享部分 RNA 模块。关于数据质量评估指标、批次效应、测序深度、覆盖度、验证队列、样本量细节、统计显著性以及潜在偏倚等信息，源站未提供。该数据集的许可为 Creative Commons Attribution 4.0 International，使用时需遵循相应许可要求。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Volinia, Stefano，机构为 Zenodo，发布时间为 2024 年，来源站为 doi.org。许可方式为 Creative Commons Attribution 4.0 International。引用时应依据该许可要求进行署名。关于具体引用格式、DOI 编号、版本信息以及推荐引用文本，源站未提供。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.13762250
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 32.1 MB。
数据说明
循环肿瘤细胞与早期胚胎滋养外胚层及转移性癌症共享RNA模块
背景。循环肿瘤细胞（CTCs）是癌症播散的载体，也是一种微创工具，可用于监测癌症演变并评估患者的治疗反应。方法。我们在乳腺癌和胚胎组织背景下，研究了500多个高度筛选的CTCs单细胞RNA测序图谱。应用生物信息学方法将CTCs与肿瘤细胞和胚胎细胞进行比较。结果。我们鉴定出三个主要的不同CTC亚群：上皮A型（CDH1+/EPCAM+）、上皮B型（LY6E+/EPCAM+）和间充质型（VIM+）。确定了间充质CTCs的新标志物，如AXL和CAV1。CTCs与来自转移性淋巴结及其各自原发肿瘤的癌细胞共享一些RNA模块，但与来自非转移性肿瘤的癌细胞不共享。此外，上皮B型亚群的CTCs与早期胚胎滋养外胚层细胞共享RNA模块。
最后，我们推断出一条进展轨迹，依次连接正常乳腺、ER+和转移性肿瘤的细胞簇，并与上皮型A/B循环肿瘤细胞（CTC）或间充质型CTC亚群相连。结论。我们表明，CTC与转移性癌细胞以及早期胚胎的滋养外胚层共享特定的基因特征。同样，我们确定了从原发肿瘤到CTC的进展轨迹。我们在癌症/CTC谱系中鉴定出的新型CTC特征，可能有助于将临床应用用于微小残留病、纵向研究，甚至早期检测，适用于乳腺及其他器官的癌。https://spj.science.org/doi/10.1002/cac2.12664
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
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print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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