乳腺癌多模态融合数据集
Breast Cancer:Multi-Modal Fusion 是一个针对乳腺浸润癌(BRCA)患者构建的、已完成预处理的多模态数据集,旨在为构建多模态融合网络提供即插即用的基础,广泛应用于多模态融合建模、放射组学、生存预测及个性化治疗分析等研究场景。

基本信息
资源简介
Breast Cancer:Multi-Modal Fusion 是一个针对乳腺浸润癌(BRCA)患者构建的、已完成预处理的多模态数据集,旨在为构建多模态融合网络提供即插即用的基础,广泛应用于多模态融合建模、放射组学、生存预测及个性化治疗分析等研究场景。
该数据集严格对齐了 122 名 BRCA 患者的多源数据,所有样本均通过 TCGA Case ID 完成跨模态映射,实现了宏观医学影像(MRI)、微观数字病理学(Histopathology)、分子组学(Multi-Omics)以及临床治疗信息之间的一一对应。数据以 CSV 、病理 patch 图像及映射文件等形式组织。
数据构成
视觉模态(Vision Modality)
MRI 扫描(mri_processed):预处理后的乳腺 MRI 影像,用于学习肿瘤结构与影像特征
组织病理学切片(SVS_patches):从 Whole Slide Images(WSIs)中提取的高分辨率病理切片 patch,可直接用于 CNN 、 ViT 等视觉模型训练
组织映射文件(MRI_and_SVS_Patches_index.json):用于建立病理 patch 与患者之间的映射关系,方便构建 PyTorch 或 TensorFlow 数据加载器
多组学数据(Multi-Omics)
转录组学(RNA_RAW.csv):标准化 RNA-Seq 基因表达数据
拷贝数变异(CNV_RAW.csv):拷贝数变异(CNV)扩增与缺失特征
融合组学特征(RNA_CNV_ModelReady.csv):包含 RNA 与 CNV 后的标准化特征文件,可直接作为神经网络输入
体细胞突变数据(Mutations_Dataset.csv):按患者聚合的体细胞突变基因列表
临床与治疗数据(Clinical & Treatment Data)
临床治疗数据(Clinical_Treatment_Data.csv):清洗后的临床与治疗数据文件
临床字段:包含人口统计学信息、生存状态(vital_status)及 TNM 病理分期等字段
药物编码矩阵:提供 Drug_Tamoxifen 、 Drug_Paclitaxel 等药物 one-hot 编码特征,用于治疗方案与患者预后相关性分析
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
需登录公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
方式一:KaggleHub(Python,推荐 AI Agent 使用)
# 前置依赖: pip install kagglehub
# 首次使用需 Kaggle 账号授权(浏览器弹一次,凭据缓存后免重复)
import kagglehub
path = kagglehub.dataset_download("sepehreslamimoghadam/breast-cancer-vision-and-genomic-fusion-ml-ready")
print("数据已下载至:", path) # 返回本地目录路径
方式二:Kaggle CLI(命令行)
# 前置条件: 注册 Kaggle 账号, Settings > API > Create New Token,
# 将 kaggle.json 放到 ~/.kaggle/ 并 chmod 600
pip install kaggle
kaggle datasets download -d sepehreslamimoghadam/breast-cancer-vision-and-genomic-fusion-ml-ready
unzip breast-cancer-vision-and-genomic-fusion-ml-ready.zip -d breast-cancer-vision-and-genomic-fusion-ml-ready/
数据集大小约 19.76 GB。
数据说明
Breast Cancer:Multi-Modal Fusion 是一个针对乳腺浸润癌(BRCA)患者构建的、已完成预处理的多模态数据集,旨在为构建多模态融合网络提供即插即用的基础,广泛应用于多模态融合建模、放射组学、生存预测及个性化治疗分析等研究场景。 该数据集严格对齐了 122 名 BRCA 患者的多源数据,所有样本均通过 TCGA Case ID 完成跨模态映射,实现了宏观医学影像(MRI)、微观数字病理学(Histopathology)、分子组学(Multi-Omics)以及临床治疗信息之间的一一对应。数据以 CSV 、病理 patch 图像及映射文件等形式组织。 数据构成 视觉模态(Vision Modality) MRI 扫描(mri_processed):预处理后的乳腺 MRI 影像,用于学习肿瘤结构与影像特征 组织病理学切片(SVS_patches):从 Whole Slide Images(WSIs)中提取的高分辨率病理切片 patch,可直接用于 CNN 、 ViT 等视觉模型训练 组织映射文件(MRI_and_SVS_Patches_index.json):用于建
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
许可
CC BY 4.0
需要用于商业化训练或医疗器械注册(NMPA/FDA)?
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连,提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。




