乳腺癌多模态融合数据集

Breast Cancer:Multi-Modal Fusion 是一个针对乳腺浸润癌(BRCA)患者构建的、已完成预处理的多模态数据集,旨在为构建多模态融合网络提供即插即用的基础,广泛应用于多模态融合建模、放射组学、生存预测及个性化治疗分析等研究场景。

kaggle
2026-03-29 更新
浏览 22
影像、表格、组学预测、多模态融合
Breast Cancer:Multi-Modal Fusion

基本信息

模态
影像、表格、组学
大小
19.76 GB
数据量
122
任务类型
预测、多模态融合
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2026-03-29

资源简介

Breast Cancer:Multi-Modal Fusion 是一个针对乳腺浸润癌(BRCA)患者构建的、已完成预处理的多模态数据集,旨在为构建多模态融合网络提供即插即用的基础,广泛应用于多模态融合建模、放射组学、生存预测及个性化治疗分析等研究场景。

该数据集严格对齐了 122 名 BRCA 患者的多源数据,所有样本均通过 TCGA Case ID 完成跨模态映射,实现了宏观医学影像(MRI)、微观数字病理学(Histopathology)、分子组学(Multi-Omics)以及临床治疗信息之间的一一对应。数据以 CSV 、病理 patch 图像及映射文件等形式组织。

数据构成

视觉模态(Vision Modality)

MRI 扫描(mri_processed):预处理后的乳腺 MRI 影像,用于学习肿瘤结构与影像特征

组织病理学切片(SVS_patches):从 Whole Slide Images(WSIs)中提取的高分辨率病理切片 patch,可直接用于 CNN 、 ViT 等视觉模型训练

组织映射文件(MRI_and_SVS_Patches_index.json):用于建立病理 patch 与患者之间的映射关系,方便构建 PyTorch 或 TensorFlow 数据加载器

多组学数据(Multi-Omics)

转录组学(RNA_RAW.csv):标准化 RNA-Seq 基因表达数据

拷贝数变异(CNV_RAW.csv):拷贝数变异(CNV)扩增与缺失特征

融合组学特征(RNA_CNV_ModelReady.csv):包含 RNA 与 CNV 后的标准化特征文件,可直接作为神经网络输入

体细胞突变数据(Mutations_Dataset.csv):按患者聚合的体细胞突变基因列表

临床与治疗数据(Clinical & Treatment Data)

临床治疗数据(Clinical_Treatment_Data.csv):清洗后的临床与治疗数据文件

临床字段:包含人口统计学信息、生存状态(vital_status)及 TNM 病理分期等字段

药物编码矩阵:提供 Drug_Tamoxifen 、 Drug_Paclitaxel 等药物 one-hot 编码特征,用于治疗方案与患者预后相关性分析

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使用方式

数据集获取

方式一:KaggleHub(Python,推荐 AI Agent 使用)

# 前置依赖: pip install kagglehub
# 首次使用需 Kaggle 账号授权(浏览器弹一次,凭据缓存后免重复)
import kagglehub

path = kagglehub.dataset_download("sepehreslamimoghadam/breast-cancer-vision-and-genomic-fusion-ml-ready")
print("数据已下载至:", path)  # 返回本地目录路径

方式二:Kaggle CLI(命令行)

# 前置条件: 注册 Kaggle 账号, Settings > API > Create New Token,
# 将 kaggle.json 放到 ~/.kaggle/ 并 chmod 600
pip install kaggle
kaggle datasets download -d sepehreslamimoghadam/breast-cancer-vision-and-genomic-fusion-ml-ready
unzip breast-cancer-vision-and-genomic-fusion-ml-ready.zip -d breast-cancer-vision-and-genomic-fusion-ml-ready/

数据集大小约 19.76 GB。

数据说明

Breast Cancer:Multi-Modal Fusion 是一个针对乳腺浸润癌(BRCA)患者构建的、已完成预处理的多模态数据集,旨在为构建多模态融合网络提供即插即用的基础,广泛应用于多模态融合建模、放射组学、生存预测及个性化治疗分析等研究场景。 该数据集严格对齐了 122 名 BRCA 患者的多源数据,所有样本均通过 TCGA Case ID 完成跨模态映射,实现了宏观医学影像(MRI)、微观数字病理学(Histopathology)、分子组学(Multi-Omics)以及临床治疗信息之间的一一对应。数据以 CSV 、病理 patch 图像及映射文件等形式组织。 数据构成 视觉模态(Vision Modality) MRI 扫描(mri_processed):预处理后的乳腺 MRI 影像,用于学习肿瘤结构与影像特征 组织病理学切片(SVS_patches):从 Whole Slide Images(WSIs)中提取的高分辨率病理切片 patch,可直接用于 CNN 、 ViT 等视觉模型训练 组织映射文件(MRI_and_SVS_Patches_index.json):用于建

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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