导管乳腺癌原位患者组织样本中的生物标志物

该数据集来自 clinicaltrials.gov,聚焦乳腺导管原位癌(DCIS)患者组织样本中的生物标志物研究。其目标是在 ECOG-E5194 临床试验入组患者的组织样本中,验证一种新的 DCIS 基因组评分及 Oncotype DX Recurrence Score® 检测的预后价值

ECOG-ACRIN Cancer Research GroupECOG-ACRIN Cancer Research Group
clinicaltrials
浏览 3
基因组预测Breast Cancer
Biomarkers in Tissue Samples From Patients With Ductal Breast Carcinoma in Situ

基本信息

模态
基因组
任务类型
预测
创建/更新时间
2026-10-17

资源简介

导管乳腺癌原位患者组织样本中的生物标志物

该数据集围绕乳腺导管原位癌(DCIS)患者组织样本中的生物标志物研究展开,收录自 clinicaltrials.gov,属于肿瘤 / 乳腺癌领域。其核心目标是在 ECOG-E5194 临床试验入组患者的组织样本中,验证一种新的 DCIS 基因组评分以及 Oncotype DX Recurrence Score® 检测的预后价值。研究关注的是从存档组织样本中提取的 RNA,并通过基于逆转录 PCR 的 Oncotype DX Recurrence Score® 检测进行基因表达谱分析。整体而言,该数据集服务于 DCIS 预后相关生物标志物的验证性研究,主题标签为 Breast Cancer,相关疾病条件为 Breast Cancer。

【数据集背景】

乳腺导管原位癌(DCIS)是一种非浸润性乳腺病变,但其进展风险和预后判断在临床中具有重要意义。该数据集所依托的研究,旨在对一种新的 DCIS 基因组评分以及 Oncotype DX Recurrence Score® 检测的预后价值进行验证。这一验证工作是在 ECOG-E5194 临床试验入组患者的组织样本中开展的,因此其背景与既有的临床试验框架和 DCIS 预后评估需求直接相关。源站描述中列出的条件为 Breast Cancer,研究目标明确指向预后效用的验证。

【数据内容】

该数据集涉及的是患者组织样本中的生物标志物相关信息。具体而言,研究分析的对象是从存档组织样本中提取的 RNA,分析内容为基因表达谱,所采用的方法为 Oncotype DX Recurrence Score® 检测,该检测是一种基于逆转录 PCR 的检测方法。数据集英文名称为 Biomarkers in Tissue Samples From Patients With Ductal Breast Carcinoma in Situ,主题标签为 Breast Cancer。除上述内容外,源站未提供关于样本数量、具体基因列表、评分阈值或统计结果等更细粒度的数据内容说明。

【采集与来源】

该数据集来源于 clinicaltrials.gov。其样本与数据背景与 ECOG-E5194 临床试验相关,研究对象为该试验入组的 DCIS 患者。样本类型为存档组织样本,从中提取 RNA 用于后续检测。检测方式为 Oncotype DX Recurrence Score® 检测,即基于逆转录 PCR 的基因表达谱分析。除这些来源与采集相关信息外,源站未提供关于采集时间、采集机构、样本处理流程或伦理审批等进一步细节。

【适用场景】

基于现有信息,该数据集适用于围绕 DCIS 患者组织样本中生物标志物的预后价值验证研究,尤其是对新的 DCIS 基因组评分和 Oncotype DX Recurrence Score® 检测的验证性分析。其主题标签为 Breast Cancer,疾病条件为 Breast Cancer,因此可归入肿瘤 / 乳腺癌相关研究场景。由于研究目标明确为验证预后效用,该数据集可能用于与 ECOG-E5194 临床试验相关的回顾性组织样本分析。除上述场景外,源站未提供其他具体适用场景。

【使用方法】

源站描述中给出的研究大纲为:从存档组织样本中提取的 RNA 通过 Oncotype DX Recurrence Score® 检测进行分析,以获得基因表达谱。该检测为基于逆转录 PCR 的检测方法。除这一分析路径外,源站未提供关于数据访问方式、预处理步骤、分析软件、统计方法或结果解读的具体说明。

【质量与限制】

该数据集来源于 clinicaltrials.gov,且与 ECOG-E5194 临床试验相关,样本为存档组织样本。源站未提供关于样本量、数据完整性、缺失情况、批次效应、检测重复性、评分阈值或验证结论等质量与限制方面的具体信息。因此,关于该数据集的质量评估与使用限制,源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://clinicaltrials.gov/study/NCT01132560

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

疾病:乳腺癌。目的:* 在参加临床试验ECOG-E5194的导管原位癌(DCIS)患者的组织样本中,验证一种新的导管原位癌基因组评分及Oncotype DX复发评分®检测的预后效用。大纲:从存档组织样本中提取的RNA,将通过Oncotype DX复发评分®检测(一种基于逆转录酶-PCR的检测方法)进行基因表达谱分析。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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