10x Genomics Xenium 乳腺癌空间数据及 Chromium 单细胞RNA测序参考数据集（CSAMA 2026）
主题标签：乳腺癌、空间转录组、Xenium、scRNA-seq、肿瘤微环境、H&E 图像、免疫荧光。本数据集为肿瘤领域公开数据集，由Zenodo提供，主题涵盖乳腺癌。
基本信息
资源简介
10x Genomics Xenium 乳腺癌空间数据及 Chromium 单细胞RNA测序参考数据集（CSAMA 2026）
本数据集为面向乳腺癌空间转录组与单细胞转录组联合分析场景的公开资源，英文名称为 10x Genomics Xenium Breast Cancer SpatialData with Chromium scRNA-seq Reference (CSAMA 2026)，由作者 Lazic, Daria 发布，机构为 Zenodo，发布时间为 2026 年，采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可。数据集归属于肿瘤 / 乳腺癌分类，来源站为 doi.org。其内容同时涵盖 Xenium 空间转录组数据与 Chromium 单细胞转录组参考数据，主题标签包括乳腺癌、空间转录组、Xenium、scRNA-seq、肿瘤微环境、H&E 图像与免疫荧光，可用于在空间维度与单细胞维度之间建立联系，支持肿瘤微环境相关研究。
【数据集背景】
乳腺癌是肿瘤研究中的重要对象，空间转录组技术能够在保留组织空间结构的前提下检测基因表达，而单细胞 RNA 测序则能够在单细胞分辨率上刻画细胞类型与状态。本数据集将 10x Genomics Xenium Prime FFPE Human Breast Cancer 数据与来源于 Chromium 的乳腺癌 scRNA-seq 参考数据组合在一起，形成空间数据与单细胞参考数据配套的资源，便于开展空间与单细胞层面的联合分析。原始 Xenium 数据集来自 10x Genomics 官方发布页面，单细胞参考数据则源自 Janesick 等人的 Chromium 数据集。
【数据内容】
数据集包含两个主要文件。其一为 BC_10x_xenium_sdata.zarr.zip，是一个 SpatialData 对象，包含 10x Genomics Xenium Prime FFPE Human Breast Cancer 数据集经过裁剪的低分辨率表示。该对象包括 Xenium 转录本坐标、细胞与细胞核分割边界、细胞水平表达表、H&E 图像，以及包括 DAPI 在内的四个免疫荧光通道。为减小文件体积，高分辨率图像金字塔已被移除。其二为 BC_scRNAseq_subset.h5ad.zip，是一个 AnnData 对象，包含来源于 Janesick 等人 Chromium 数据集的乳腺癌 scRNA-seq 参考数据，其数据处理遵循 OSTA 工作流。原始计数矩阵可通过 NCBI GEO 获取，细胞类型注释可通过 Zenodo 记录获取。
【采集与来源】
空间数据部分来源于 10x Genomics 的 Xenium Prime FFPE Human Breast Cancer 数据集，并在其基础上进行了裁剪与低分辨率化处理。单细胞参考数据来源于 Janesick 等人的 Chromium 数据集，处理流程采用 OSTA 工作流。原始计数矩阵的下载地址指向 NCBI GEO 的 GSM7782698 条目，细胞类型注释的下载地址指向 Zenodo 的记录。数据集整体由 Zenodo 提供，来源站为 doi.org。
【适用场景】
该数据集适用于乳腺癌空间转录组与单细胞转录组联合分析相关的研究场景，包括在空间背景下考察细胞类型分布、结合单细胞参考进行细胞类型注释与映射、利用 H&E 图像与免疫荧光通道进行组织形态与分子特征的对照观察，以及围绕肿瘤微环境开展探索性分析。主题标签所涵盖的乳腺癌、空间转录组、Xenium、scRNA-seq、肿瘤微环境、H&E 图像与免疫荧光，均对应其可能的应用方向。
【使用方法】
使用者可分别下载并解压两个压缩包：SpatialData 对象以 .zarr 形式提供，可用于读取 Xenium 转录本坐标、分割边界、细胞水平表达表、H&E 图像与免疫荧光通道；AnnData 对象以 .h5ad 形式提供，可作为 scRNA-seq 参考数据使用。若需要原始计数矩阵或细胞类型注释，可分别访问 NCBI GEO 与 Zenodo 的对应记录。由于高分辨率图像金字塔已被移除，涉及高分辨率图像的分析需注意该对象为裁剪后的低分辨率表示。
【质量与限制】
该 SpatialData 对象为裁剪后的低分辨率表示，高分辨率图像金字塔已被移除，以减小文件体积，因此不包含原始高分辨率图像信息。单细胞参考数据为子集形式，其处理遵循 OSTA 工作流。除此之外，源站未提供关于数据质量指标、批次效应、覆盖范围或验证结果的更多信息。
【引用与许可】
本数据集采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可，使用时需遵循该许可的署名要求。作者为 Lazic, Daria，发布机构为 Zenodo，发布时间为 2026 年。原始 Xenium 数据集、原始计数矩阵与细胞类型注释分别来自 10x Genomics、NCBI GEO 与 Zenodo 的相应记录，使用时应一并参考其来源信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.20180722
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 150.6 MB。
数据说明
BC_10x_xenium_sdata.zarr.zip 包含10x Genomics Xenium Prime FFPE人类乳腺癌数据集裁剪后低分辨率表示的SpatialData对象。该对象包括Xenium转录本坐标、细胞和细胞核分割边界、细胞水平表达表、H&E图像，以及包括DAPI在内的四个免疫荧光通道。为减小文件大小，已移除高分辨率图像金字塔。原始数据集：https://www.10xgenomics.com/datasets/xenium-prime-ffpe-human-breast-cancer BC_scRNAseq_subset.h5ad.zip 包含参考乳腺癌scRNA-seq数据的AnnData对象，该数据来源于Janesick等人的Chromium数据集。数据处理遵循OSTA工作流程。原始计数矩阵：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSM7782698&format=file&file=GSM7782698_count_raw_feature_bc_matrix.h5 细胞类型注释：https://zenodo.org/records/10076046/files/Cell_Barcode_Type_Matrices.xlsx?download=1 处理参考：https://github.com/lmweber/STexampleData/blob/devel/inst/scripts/make-data-Janesick-breastCancer-Chromium.Rhttps://lmweber.org/OSTA/pages/seq-deconvolution.html
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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