SNAP25通过GLS介导的谷氨酰胺分解调控突触可塑性抑制胶质瘤进展

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/metabolights_dataset/MTBLS2806

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

引言：由突触通讯调控的神经元活动在脑肿瘤的发生和进展中发挥重要作用。可溶性N-乙基马来酰亚胺敏感因子附着蛋白受体（SNAREs）的基因被注释为与突触连接相关的“囊泡”功能，并且发现其中一种蛋白——突触体相关蛋白25（SNAP25）在神经病变中表达水平存在差异。然而，SNAP25在胶质瘤进展过程中的具体机制和预后价值仍不清楚。方法：利用癌症基因组图谱（TCGA）数据库的RNA测序数据，鉴定出低级别胶质瘤（LGG）和胶质母细胞瘤（GBM）之间高度相关的差异突触凋亡相关基因。Cox比例风险回归分析和生存分析表明，候选基因SNAP25能够区分低风险和高风险患者的预后，并使用中国胶质瘤基因组图谱（CGGA）队列对数据集进行验证。采用RT-qPCR、western blot和免疫组织化学实验检测胶质瘤细胞和样本中SNAP25的表达水平。

进行功能实验以确定SNAP25敲低和过表达对细胞活力、迁移和侵袭的影响。随后，应用异种移植组织的免疫荧光实验评估神经元树突形成标志物MAP2的表达。采用基于液相色谱-高分辨率质谱（LC-MS）的代谢组学方法鉴定胶质瘤细胞中的关键代谢紊乱。使用原位小鼠异种移植模型研究SNAP25在体内的作用。结果：SNAP25在胶质瘤组织和细胞系中低表达，低水平SNAP25提示胶质瘤患者预后不良。SNAP25抑制细胞增殖、迁移、侵袭并促进胶质瘤细胞的谷氨酸代谢，发挥抑癌作用。SNAP25过表达表达较低

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。