黑色素瘤患者与PDX模型的代谢谱

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A01e3b9ec533a137364e1e7119021776d782dc95d6003ff24e5f7f41c0ded22ab

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

患者来源的异种移植瘤（PDXs）常被用作临床前模型，但其对患者肿瘤代谢的再现程度尚未得到仔细研究。我们开发了一种并行工作流程，用于分析患者黑色素瘤及其匹配的PDXs中的[U-13C]葡萄糖追踪和代谢组学。患者黑色素瘤具有显著的TCA循环标记，与人脑肿瘤中的水平相似。我们观察到PDXs之间TCA循环标记的差异与我们在患者相同黑色素瘤中观察到的差异相似，但PDXs在糖酵解中间产物中的标记高于患者相同黑色素瘤。我们观察到PDXs和患者肿瘤之间存在一致的代谢改变，反映了饮食、酶表达和其他因素上的物种特异性差异。尽管存在这些差异，近200个PDXs中的大多数保留了类似于患者相同黑色素瘤的“代谢指纹”。PDX代谢在至少6次传代中也基本得以保留。

我们得出……，# 黑色素瘤患者及PDX模型的代谢谱 https://doi.org/10.5061/dryad.dncjsxm91 ## 数据及文件结构说明 HILIC高分辨质谱代谢组学数据（两个批次，分别来自两次独立运行定量）： 1. metabolomics_sampleInfo_pairedSamples.xlsx 和 metabolomics_data_pairedSamples.xlsx 为配对的患者肿瘤（P0）与早期传代（P1）PDX样本。 2. metabolomics_sampleInfo_serialPassage.xlsx 和 metabolomics_data_serialPassage.xlsx 为患者肿瘤（P0）与连续传代（P1-6）PDX样本。 气相色谱质谱数据（用于患者血浆、肿瘤及PDX）：黑色素瘤患者样本在[U-13C]葡萄糖输注后的同位素异构体分布。数值为分数富集度，已针对天然存在的13C碳进行校正。 1. 13C_GlcTracing_Isotopologue_distribution_patient_plasma_data.xlsx：体内[U-13C]输注期间不同时间点患者的血浆样本。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。