脑转移预治疗MRI分割数据集

包含脑转移患者预治疗MRI及三维病灶分割标注,并提供临床和影像特征信息。由Yale School of Medicine提供,来自The Cancer Imaging Archive,包含医学影像数据,包含975条数据记录,适用于图像分割任务,许可证为CC BY 4.0。

Yale School of MedicineYale School of Medicine
The Cancer Imaging Archive
2023-12-19 更新
浏览 61
图像图像分割Breast CancerSmall Cell Lung CancerMelanomaLung Non-Small Cell Carcinoma
PRETREAT-METSTOBRAIN-MASKS

基本信息

模态
图像
数据量
975
任务类型
图像分割
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2023-12-19
版本
Complete

资源简介

脑转移预治疗MRI分割数据集

【一句话概览】

本数据集是 TCIA 公开的影像数据集,收录 合计 1.70 GB、200 例受试者,主题涵盖 Breast Cancer、Small Cell Lung Cancer、Melanoma、Lung Non-Small Cell Carcinoma,可用于医学图像分割、检测与分类模型的训练与评测,CC BY 4.0 许可开放获取。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《A Large Open Access Dataset of Brain Metastasis 3D Segmentations on MRI with Clinical and Imaging Feature Information》。源站首次发布:2023/12/19。

【数据内容】

源站原始描述:Demographic data, including sex, ethnicity, age at diagnosis, smoking pack-year history, and presence of extranodal metastasis were obtained using the electronic medical record (EMR). Survival was calculated by subtracting the date of diagnosis from the date of death or from the date of last EMR note for censored patients. Qualitative imaging features, including infratentorial involvement and intratumoral susceptibility in at least one lesion on SWI sequence, were obtained from visual assessment…

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):人口统计学数据,包括性别、种族、诊断时年龄、吸烟包年史以及是否存在结外转移,均通过电子病历(EMR)获取。生存期通过用死亡日期或删失患者末次EMR记录日期减去诊断日期计算。定性影像学特征,包括幕下受累以及SWI序列上至少一个病灶内存在肿瘤内磁敏感信号,均通过图像视觉评估获得。定量影像学特征从每例患者的NifTI分割掩模中提取,包括强化肿瘤总体积、坏死肿瘤总体积、瘤周水肿总体积、坏死体积与强化体积之比、瘤周水肿体积与强化体积之比、强化病灶数量、坏死病灶数量以及伴瘤周水肿的病灶数量。最后,转移来源也从EMR中既往肿瘤学和/或病理报告中获取。出生日期、诊断日期、死亡日期和末次记录日期均进行匿名化处理,同时保留事件之间的时间间隔。临床和影像学特征信息存储在Excel文件中。

【数据结构与技术规格】

数据集 DOI:10.7937/6be1-r748。

【主题与分类】

源站学科分类:MR、Segmentation、Demographic、Diagnosis、Measurement、Follow-Up。主题标签:Breast Cancer、Small Cell Lung Cancer、Melanoma、Lung Non-Small Cell Carcinoma。

【适用方向】

影像类数据可用于医学图像分析模型(检测、分割、分类)的训练与评测,也可用于标注质量与成像参数相关性的研究。

【获取与许可】

源站页面:https://www.cancerimagingarchive.net/collection/pretreat-metstobrain-masks/

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:Ramakrishnan, D., Jekel, L., Chadha, S., Janas, A., Moy, H., Maleki, N., Sala, M., Kaur, M., Petersen, G. C., Merkaj, S., von Reppert, M., Baid, U., Bakas, S., Kirsch, C., Davis, M., Bousabarah, K., Holler, W., Lin, M., Westerhoff, M., Aneja, S., Memon, F., Aboian, M. (2023). A Large Open Access Dat…

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取(TCIA 标准方式)

方式一:NBIA 搜索

  1. 打开 NBIA 搜索页(免费注册 TCIA 账号);
  2. 按本数据集 Collection 名称筛选(见源站页面),加入 Download Basket;
  3. 用 NBIA Download Manager 批量下载 DICOM。

方式二:NBIA API(程序化)

curl -s "https://services.cancerimagingarchive.net/nbia-api/services/v1/getSeries?Collection=COLLECTION_NAME" -o series.json

方式三:TCIA Manifest + dicomsort

在 Collection 页面下载 .tcia manifest 文件后用 NBIA CLI 下载。

数据说明

包含脑转移患者预治疗MRI及三维病灶分割标注,并提供临床和影像特征信息。

数据加载示例(DICOM 影像)

import pydicom, glob, os
files = glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.dcm"), recursive=True)
d = pydicom.dcmread(files[0])
print("Modality:", d.Modality)
img = d.pixel_array

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