TCGA-LGG 集合的 DICOM 转换幻灯片显微图像

该数据集对应于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)提供的一个图像和/或图像衍生数据集合。该数据集由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录

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2026-10-07 更新
浏览 11
医学影像分类肿瘤脑肿瘤低级别胶质瘤TCGADICOM病理图像IDC
DICOM converted Slide Microscopy images for the TCGA-LGG collection

基本信息

模态
医学影像
大小
0.00053323 GB
任务类型
分类
许可
Creative Commons Attribution 3.0 Unported
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

TCGA-LGG 集合的 DICOM 转换幻灯片显微图像

该数据集英文名为 DICOM converted Slide Microscopy images for the TCGA-LGG collection,属于肿瘤领域中脑肿瘤相关数据,来源于 doi.org,由 Zenodo 机构发布,发布时间为 2026 年。数据集对应于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)提供的一个图像和/或图像衍生数据集合,由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录。作者包括 Clunie, David、Clifford, William、Pot, David、Wagner, Ulrike、Farahani, Keyvan、Kim, Erika 和 Fedorov, Andrey。该数据集采用 Creative Commons Attribution 3.0 Unported 许可。整体而言,该数据集面向低级别胶质瘤(LGG)相关的 TCGA 集合,提供经 DICOM 转换的幻灯片显微图像,可用于影像探索、可视化及相关研究。

【数据集背景】

该数据集对应美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)提供的一个图像和/或图像衍生数据集合。该数据集由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录。其名称表明其与 TCGA-LGG 集合相关,即低级别胶质瘤(low grade glioma)患者的 TCGA 集合。源站描述指出,癌症影像计划(CIP)正与参与 TCGA 的机构的主要研究者直接合作,以获取并加载与 TCGA 数据门户中存储的基因组、临床和病理数据相关的图像。目前,这一大型低级别胶质瘤患者 MR 多序列图像集合可以通过每个唯一的 ca 进行匹配。该数据集属于肿瘤/脑肿瘤分类,来源站为 doi.org,发布机构为 Zenodo。

【数据内容】

该数据集为 DICOM 转换的幻灯片显微图像(Slide Microscopy images),针对 TCGA-LGG 集合。源站描述说明,该数据集对应于一个图像和/或图像衍生数据集合,由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录。用户可以通过 IDC Portal 探索和可视化相应的图像。源站描述还提到,目前这一大型低级别胶质瘤患者 MR 多序列图像集合可以通过每个唯一的 ca 进行匹配。关于图像的具体数量、分辨率、尺寸、染色方法、扫描设备参数等,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)。源站描述指出,该数据集对应于 IDC 提供的一个图像和/或图像衍生数据集合,由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录。癌症影像计划(CIP)正与参与 TCGA 的机构的主要研究者直接合作,以获取并加载与 TCGA 数据门户中存储的基因组、临床和病理数据相关的图像。该数据集由 Zenodo 发布,发布时间为 2026 年。关于具体的采集机构、采集时间、采集地点、扫描协议等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于通过 IDC Portal 探索和可视化相应的幻灯片显微图像。源站描述指出,用户可以使用该 Zenodo 记录中包含的清单(manifests)按照下载说明下载该集合。该数据集与 TCGA-LGG 集合相关,涉及低级别胶质瘤患者的图像数据,并可与 TCGA 数据门户中存储的基因组、临床和病理数据相关联。关于具体的适用研究类型、分析任务或临床用途,源站未提供。

【使用方法】

源站描述指出,用户可以通过 IDC Portal 探索和可视化相应的图像。用户可以使用该 Zenodo 记录中包含的清单(manifests)按照下载说明下载该集合。源站描述还提到,该集合在使用上有特殊限制,需参见数据使用政策与限制(Data Usage Policies and Restrictions)。关于具体的下载步骤、软件要求、数据处理流程等,源站未提供。

【质量与限制】

源站描述指出,该集合在使用上有特殊限制,需参见数据使用政策与限制(Data Usage Policies and Restrictions)。该数据集采用 Creative Commons Attribution 3.0 Unported 许可。关于数据质量、完整性、标注准确性、潜在偏差等,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Clunie, David、Clifford, William、Pot, David、Wagner, Ulrike、Farahani, Keyvan、Kim, Erika 和 Fedorov, Andrey。发布机构为 Zenodo,发布时间为 2026 年。许可为 Creative Commons Attribution 3.0 Unported。源站描述指出,该集合在使用上有特殊限制,需参见数据使用政策与限制(Data Usage Policies and Restrictions)。关于具体的引用格式、DOI 等,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://doi.org/10.5281/zenodo.22837379

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 533.2 KB。

数据说明

本数据集对应于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)提供的一系列图像及/或源自图像的数据。该数据集已被IDC团队转换为DICOM格式并收录。您可以通过IDC门户探索并可视化相应的图像。利用本Zenodo记录中包含的清单,按照下方下载指南即可下载该集合。注意:本集合的使用有特殊限制。请参阅数据使用政策与限制。癌症影像计划(CIP)正与参与TCGA的机构的主要研究者直接合作,获取并加载与TCGA数据门户中存储的基因组、临床和病理数据相关的图像。目前,这一大规模的低级别胶质瘤患者MR多序列图像集合,可通过每个独特病例标识符与癌症基因组图谱数据门户中同一病例的广泛基因和表达数据相匹配,以研究临床表型与组织基因组之间的联系。

请参阅 TCGA-LGG 页面,以了解有关图像的更多信息并获取此集合的任何支持性元数据。包含的文件 清单文件的名称指示了集合数据版本首次引入的 IDC 数据发布版本。例如,tcga_lgg-idc_v22-aws.s5cmd 对应于 IDC 数据发布 v22 中引入的 tcga_lgg 集合内容。tcga_lgg-idc_v25-aws.s5cmd :AWS 下载清单 tcga_lgg-idc_v25-gcs.s5cmd :GCS 下载清单 tcga_lgg-idc_v25-dcf.dcf :DCF 下载清单 以 -aws.s5cmd 结尾的清单文件引用 Amazon Web Services (AWS) 存储桶中的文件;以 -gcs.s5cmd 结尾的清单文件引用 Google Cloud Storage 中的文件。实际文件在 AWS 和 GCP 之间是相同且互为镜像的。下载说明 每个清单文件在其头部都包含了如何下载所含文件的说明。要使用 .s5cmd 清单下载文件:安装 idc-index

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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