系统性间变性大细胞淋巴瘤中新型感染因子的宏基因组分析

该数据集包含来自系统性间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)患者、EBV阳性淋巴瘤对照及乳腺癌对照的总RNA测序数据,数据模态为基因测序数据,通过PathSeq和virID等生物信息学工具进行宏基因组分析,旨在探索ALCL与病原体(如病毒)的关联性,主要用于肿瘤微生物组、淋巴瘤病因学及感染与癌症关系的研究方向。

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2021-04-02 更新
浏览 21
肿瘤微生物组学病原体宏基因组检测
Metagenomic analysis to identify novel infectious agents in systemic anaplastic large cell lymphoma

基本信息

大小
0.00546447 GB
创建/更新时间
2021-04-02

资源简介

该数据集来源于一项针对系统性间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)的宏基因组研究。ALCL是一种罕见的CD30阳性T细胞非霍奇金淋巴瘤,在免疫抑制个体中发病风险显著增加。研究旨在通过宏基因组分析探索ALCL肿瘤是否与已知或新型病原体相关。数据集包含29个系统性ALCL样本(其中28例来自普通人群,1例来自HIV感染者)、3例移植受者中EBV阳性弥漫性大B细胞淋巴瘤(阳性对照)和5例乳腺癌(阴性对照)的总RNA测序数据。研究采用逐步生物信息学方法(包括PathSeq和virID)全面分析RNA测序读数,以识别与病毒和其他微生物相关的序列。尽管在阳性对照中检测到EBV,但在ALCL样本或阴性对照中未发现特异性相关的生物相关微生物,因此结果不支持ALCL的病毒病因学。该数据集提供了用于复现研究结果(包括相关图表)的PathSeq和virID输出文件以及R笔记本,主要应用于肿瘤微生物组、淋巴瘤病因学和感染性疾病与癌症关联的研究方向。

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源站:https://zenodo.org/record/4660289

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数据说明

该数据集来源于一项针对系统性间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)的宏基因组研究。ALCL是一种罕见的CD30阳性T细胞非霍奇金淋巴瘤,在免疫抑制个体中发病风险显著增加。研究旨在通过宏基因组分析探索ALCL肿瘤是否与已知或新型病原体相关。数据集包含29个系统性ALCL样本(其中28例来自普通人群,1例来自HIV感染者)、3例移植受者中EBV阳性弥漫性大B细胞淋巴瘤(阳性对照)和5例乳腺癌(阴性对照)的总RNA测序数据。研究采用逐步生物信息学方法(包括PathSeq和virID)全面分析RNA测序读数,以识别与病毒和其他微生物相关的序列。尽管在阳性对照中检测到EBV,但在ALCL样本或阴性对照中未发现特异性相关的生物相关微生物,因此结果不支持ALCL的病毒病因学。该数据集提供了用于复现研究结果(包括相关图表)的PathSeq和virID输出文件以及R笔记本,主要应用于肿瘤微生物组、淋巴瘤病因学和感染性疾病与癌症关联的研究方向。

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