定量蛋白质组学揭示转录后基因调控在FSHD分子病理中的关键作用

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A436db4dc7fdd862a5bfcdc4104290636343a5055aeee713cafa213cc58393424

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DUX4是一种转录因子，其在骨骼肌中的异常表达会导致面肩肱型肌营养不良症（FSHD）。尽管DUX4的转录活性已被广泛表征，但DUX4诱导的蛋白质组仍未被描述。在此，我们通过RNA-seq和定量质谱法报告了表达DUX4的细胞中RNA和蛋白质水平的同时测量结果。DUX4的转录靶标被稳健地翻译，证实了所提出的FSHD生物标志物可能的临床相关性。然而，许多mRNA和蛋白质在DUX4表达时表现出不一致的表达变化。我们的数据集揭示了多种分子通路中出乎意料的蛋白质组学（而非转录组学）失调，包括高尔基体碎片化，以及应激反应基因广泛的转录后缓冲。RNA降解机制的关键组分，包括UPF1、UPF3B和XRN1，表现出蛋白质水平（而非mRNA水平）的抑制，这解释了表达DUX4的细胞中异常RNA积累的特征。

我们的结果为FSHD社群提供了资源，并阐明了转录后过程对DUX4诱导病理的重要性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。