高危个体进展为类风湿关节炎由系统性炎症及T、B细胞失调定义

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/3a518635-c062-4c66-a9bd-c4581a5e3c63

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

类风湿关节炎（RA）之前存在一个疾病风险期，其特征为抗瓜氨酸化蛋白抗体（ACPAs）阳性但无临床明显滑膜炎（临床RA）。对风险期个体进行抢先干预可能预防或延缓未来的组织损伤；然而，该阶段的免疫生物学尚不清楚。我们采用整合多组学方法，对风险期个体进行了纵向分析，其中三分之一的参与者在研究期间发展为临床RA。我们发现了风险期个体存在全身性炎症的证据，以及初始T细胞和B细胞活化的特征。在向临床RA进展的过程中，出现了非典型B细胞的促炎性偏移，以及具有活化特征和B细胞辅助功能的记忆CD4 T细胞扩增，而循环ACPA滴度并未升高。初始CD4 T细胞的表观遗传改变提示其倾向于分化为具有B细胞辅助功能的效应细胞。这些发现刻画了ACPA阳性风险期的发病机制，并支持疾病起始远早于临床RA的概念。

此外，还开发了一个包含高风险阶段及进展为临床类风湿关节炎的广泛免疫资源，并配备了交互式工具，以便进行进一步研究。疾病：巨细胞病毒感染、巨细胞病毒感染 || 类风湿关节炎、正常、类风湿关节炎。组织：血液。检测方法：10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。