远交CFW小鼠独立队列分析:行为与生理性状新位点及可重复性决定因素

该数据集来自两个独立实验室的远交CFW小鼠,包含23种表型与基因型数据,样本量达3076只。研究通过合并样本进行遗传关联分析,鉴定出70个位点,并对骨密度、体重等性状进行精细定位,发现Pnpo、Ttll6、GM11545与骨密度相关,Psmb9与体重相关

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基因组回归Genetics
Analysis of  independent cohorts of outbred CFW mice reveals novel loci for behavioral and physiological traits and identifies factors determining reproducibility

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模态
基因组
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许可
CC0 1.0 Universal (CC0 1.0) Public Domain Dedication
创建/更新时间
2026-10-21

资源简介

远交CFW小鼠独立队列分析:行为与生理性状新位点及可重复性决定因素

Analysis of independent cohorts of outbred CFW mice reveals novel loci for behavioral and physiological traits and identifies factors determining reproducibility

该数据集来自两个独立实验室的远交CFW小鼠,包含23种表型与基因型数据,样本量达3076只。研究通过合并样本进行遗传关联分析,鉴定出70个位点,并对骨密度、体重等性状进行精细定位,发现Pnpo、Ttll6、GM11545与骨密度相关,Psmb9与体重相关。数据可用于复杂性状遗传位点定位、候选因果变异缩减及跨研究可重复性评估等分析(来源 DataONE,CC0 1.0 Universal (CC0 1.0) Public Domain Dedication 许可)。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):在人类复杂性状的遗传关联分析中,合并样本是标准做法,但在啮齿动物遗传学中很少采用。本文利用来自两个独立实验室的23种表型和基因型,获得了3076只市售远交小鼠的样本量,并鉴定了70个位点,是各组成部分研究中鉴定位点数量的两倍多。在合并样本中进行精细定位减少了可能因果变异的数量,集合大小的中位缩减为51%,并提示了新的基因关联,包括Pnpo、Ttll6和GM11545与骨密度相关,以及Psmb9与体重相关。然而,在两个组成部分研究之间以0.05的标称阈值进行的重复验证较低,在一个研究中鉴定的位点中不到三分之一在第二个研究中得到重复。除了发现样本中效应量的高估(Winner

【主题与分类】

主题标签:Genetics。本站分类:肌肉骨骼系统疾病。

【获取与许可】

源站页面:https://search.dataone.org/view/sha256%3Af921101a00e9ad8b236a0fdff02c0e3fe3377c39563bfff7c4b8e7a1aece3f49

使用许可:CC0 1.0 Universal (CC0 1.0) Public Domain Dedication。

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    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在复杂性状的人类遗传学分析中,合并样本进行遗传关联分析是标准做法,但在啮齿动物遗传学中却很少采用。本文利用来自两个独立实验室的23种表型和基因型数据,获得了3,076只市售远交系小鼠的样本量,并识别出70个位点,是各组成研究中识别位点数量的两倍以上。在合并样本中进行精细定位减少了可能因果变异的数量,集合大小的中位缩减幅度为51%,并揭示了新的基因关联,包括Pnpo、Ttll6和GM11545与骨矿物质密度的关联,以及Psmb9与体重的关联。然而,在两个组成研究之间以0.05的名义阈值进行的重复验证率较低,在一项研究中识别出的位点中不到三分之一在第二项研究中得到重复验证。除了发现样本中效应量的高估(赢家诅咒)之外,我们还发现研究间的异质性解释了重复验证率低的原因,但c……

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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