非洲爪蟾肥大细胞、中性粒细胞及富集肥大细胞的蛙壶菌感染皮肤分析

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A9ada09c6a6ff07167a7213c5f2fc855fb51f73a525349e4f7fc6f145d5541266

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数据说明

全球两栖动物数量的下降因壶菌（Batrachochytrium dendrobatidis，Bd）引发的致命疾病暴发而加剧。关于两栖动物皮肤产生的抗菌成分及微生物组在控制Bd中的作用，已有大量了解，但皮肤驻留免疫细胞在抗Bd防御中的作用几乎一无所知。哺乳动物的肥大细胞存在于皮肤等屏障组织中，并作为关键的免疫哨兵。据此，我们研究了非洲爪蟾（Xenopus laevis）蛙类肥大细胞在Bd感染过程中的作用。我们的发现表明，非洲爪蟾皮肤肥大细胞的富集赋予抗Bd保护，并改善由Bd感染引起的炎症相关皮肤损伤。这包括显著减少中性粒细胞对Bd感染皮肤的浸润，促进皮肤黏液腺内黏蛋白含量，以及防止Bd介导的皮肤微生物组变化。

哺乳动物肥大细胞以其产生多效性干扰素…而闻名。对于转录组分析，骨髓来源的中性粒细胞和肥大细胞培养物按上述方法制备，并根据预先确定的大小和内部复杂性参数进行FACS分选，以分离各亚群用于进一步分析。分选后的细胞立即处理以提取和纯化RNA。速冻样品送至Azenta Life Sciences进行所有文库制备、RNA测序和分析。简言之，使用Oligo dT磁珠分离多聚腺苷酸化RNA。富集的mRNA随后片段化，用于第一链和第二链cDNA合成。cDNA片段经末端修复、5’磷酸化和dA加尾。随后将片段连接至通用接头并进行PCR扩增。在Illumina HiSeq平台上进行150 bp双端测序。使用FastQC评估原始数据质量。使用Trimmomatic v.0.36从reads中去除接头序列和低质量核苷酸。使用STAR比对软件v.2.55.2b将这些reads进行比对

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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