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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1528935：脓毒症肠道菌群改变及候选微生物分类器：基于16S rRNA测序的匹配病例对照研究

PRJNA1528935 是 NCBI BioProject 数据库中收录的一项生物项目，其英文全称为“Gut microbiota alterations and candidate microbial classifiers in sepsis: a matched case-control study using 16S rRNA sequencing”。该数据集聚焦于感染性疾病领域中的脓毒症，围绕肠道菌群改变以及候选微生物分类器展开研究，采用 16S rRNA 测序技术，并运用匹配病例对照的研究设计。从数据主题来看，该项目属于原始序列读长（Raw sequence reads）类型，可为探索脓毒症与肠道微生物组之间关联的研究者提供可获取的数据资源。以下将从数据集背景、数据内容、采集与来源、适用场景、使用方法、质量与限制以及引用与许可等方面进行介绍。

【数据集背景】

脓毒症是一种由感染引发的全身性炎症反应综合征，其病理机制复杂，涉及宿主免疫应答与微生物群落之间的相互作用。近年来，肠道菌群在脓毒症发生、发展及预后中的潜在作用受到广泛关注。该数据集所对应的研究项目，正是围绕脓毒症患者肠道菌群改变这一主题展开，并进一步尝试筛选候选微生物分类器，以探索微生物标志物在脓毒症识别或分层中的可能性。研究采用匹配病例对照设计，有助于在比较中控制部分混杂因素，从而更聚焦于病例与对照之间肠道菌群差异的观察。该项目以 BioProject 形式组织，旨在将同一研究计划下产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户查找和关联相关数据。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其数据内容主要涉及测序产生的原始序列读长。这些原始读长来自 16S rRNA 测序，通常用于分析样本中微生物群落的组成与相对丰度。项目英文名称中提及“肠道菌群改变”与“候选微生物分类器”，说明数据可能围绕肠道微生物群落的差异以及潜在分类标志物展开。除原始序列读长这一主题标签外，关于样本数量、测序平台、序列长度、数据量、具体菌群分类结果或分类器性能指标等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1528935 - BioProject - NCBI”。BioProject 是 NCBI 提供的一种项目记录形式，用于汇集与某一研究计划相关的生物数据，这些数据可能来自单一机构或联合体。BioProject 记录为用户提供了一个集中入口，以便找到同一项目下产生的不同类型数据。就本项目而言，其研究设计为匹配病例对照研究，并采用 16S rRNA 测序，研究对象与脓毒症相关。关于样本采集地点、采集时间、纳入排除标准、匹配条件、伦理审批信息以及具体研究机构等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与脓毒症肠道菌群相关的研究场景。例如，研究人员可利用原始序列读长开展微生物群落多样性分析、物种组成比较，或进一步探索候选微生物分类器的构建与验证。由于项目采用匹配病例对照设计，数据也可用于病例与对照之间的菌群差异比较研究。此外，对感染性疾病与微生物组交叉领域感兴趣的研究者，可将该数据集作为二次分析或方法学比较的素材。需要说明的是，具体适用性取决于用户对原始读长的处理流程及研究问题，源站未提供针对特定分析场景的推荐或验证结论。

【使用方法】

该数据集以 BioProject 记录形式提供，用户可通过 NCBI BioProject 页面查找与该研究计划相关的数据链接。由于主题标签为原始序列读长，使用者通常需要下载原始测序数据后，自行进行质量控制、去噪或聚类、物种注释及下游统计分析。对于 16S rRNA 测序数据，常见分析包括群落多样性评估、分类组成比较以及差异丰度分析等。若涉及候选微生物分类器研究，可能还需要结合机器学习或统计建模方法。但关于具体的数据下载路径、文件格式、分析流程或推荐工具，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公共数据库收录的项目记录。其主题标签为原始序列读长，意味着数据可能未经充分加工或注释，使用者需自行完成后续处理与质量控制。由于源站未提供样本量、测序深度、对照匹配细节、批次效应处理、分类器性能评估等信息，无法对数据质量、偏倚风险或结论稳健性作出具体判断。此外，该数据集仅代表一项匹配病例对照研究，其结果的外推性可能受到研究设计、人群来源及样本采集条件等因素影响，但源站未提供相关说明。使用者应结合自身研究目的，谨慎评估数据适用性。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI BioProject，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1528935 - BioProject - NCBI”。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制或授权要求，源站未提供。使用者在下载、分析或发表相关成果前，应自行查阅 NCBI BioProject 页面及相关数据记录，以确认具体的引用规范与许可条件。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1528935

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1528935

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

比较重症监护病房（ICU）成人脓毒症患者与非脓毒症患者早期粪便微生物组成的差异，并识别用于探索性队列内分类的分类学特征。方法：我们纳入了19名符合Sepsis-3标准的成人和19名ICU对照者。在入院24小时内且抗感染治疗前采集粪便。对细菌16S核糖体RNA（rRNA）基因V3-V4区进行测序。评估了多样性、相对丰度谱和随机森林特征排序。在同一38名参与者数据集中计算了表观受试者工作特征曲线下面积（AUC）值。结果：脓毒症患者的Shannon和Simpson指数较低，而基于丰度的覆盖估计量（ACE）和Chao1指数无差异。相对丰度谱具有异质性，在某些绘制的样本中，屎肠球菌占 reads 的很大比例。Lacticaseibacillus和Bacteroides caccae是排名最高的属级和种级特征；最大的表观属级和种级模型AUC分别约为0.96和0.87。

结论：各组之间的早期粪便特征存在差异，但单中心、横断面设计、未调整的比较以及队列内模型评估，排除了因果性、预后性或经临床验证的诊断性解读的可能。所鉴定出的菌群分类需要独立的前瞻性验证。关键词：脓毒症；肠道微生物群；危重症；16S rRNA测序；随机森林

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别