马达加斯加近期混合人群Duffy-null等位基因自然选择数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.r1d6g

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数据集大小约 458.1 KB。

数据说明

尽管远缘人群之间的基因流动日益被认为是人类适应性遗传变异的一个潜在重要来源，但得到充分表征的实例仍然罕见。此外，针对间日疟疾抗性的自然选择可能在保护性Duffy-null等位基因的极端分布中发挥了作用，这一点仍存争议——该等位基因在撒哈拉以南非洲大陆几乎完全固定，而在其他地区则缺失。我们通过研究Duffy-null等位基因在马达加斯加人群中的演化来探讨这两个问题，该人群是近期发生混合的群体，其主要祖先成分来自东亚和撒哈拉以南非洲大陆。我们利用全基因组遗传数据和大量计算机模拟表明，马达加斯加Duffy-null等位基因的高频率只有在不存在正自然选择、且涉及高遗传漂变的极端人口统计学情景下才能得到解释。

然而，在马达加斯加人群中观察到的基因组单核苷酸多态性多样性与此类极端人口统计学情景不符，这表明对Duffy阴性等位基因的正向选择最能解释该等位基因在马达加斯加的高频率。我们估计选择系数为0.066。由于间日疟在马达加斯加呈地方性流行，这一结果支持了疟疾抗性驱动了撒哈拉以南非洲大陆Duffy阴性等位基因固定的假说。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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