PRJEB12836:动脉粥样硬化患者斑块相关细菌群落

主题标签:感染性疾病、动脉粥样硬化、细菌群落、扩增子测序。本数据集为感染性疾病领域公开数据集,主题涵盖感染性疾病。本数据集为感染领域的基因组公开数据集,来源:ena,主题涵盖感染性疾病。

ena
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基因组分类感染性疾病动脉粥样硬化细菌群落扩增子测序
PRJEB12836: Bacterial Communities Associated with Atherosclerotic Plaques from Patients with Atherosclerosis

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-08

资源简介

PRJEB12836:动脉粥样硬化患者斑块相关细菌群落

PRJEB12836 是一个聚焦于感染性疾病领域的公开数据集,英文名称为 Bacterial Communities Associated with Atherosclerotic Plaques from Patients with Atherosclerosis,即与动脉粥样硬化患者动脉粥样硬化斑块相关的细菌群落研究数据。该数据集来源于 ebi.ac.uk,采用 16S rRNA 扩增子测序技术获取数据,主题涵盖感染性疾病、动脉粥样硬化、细菌群落与扩增子测序等方向。作为感染性疾病领域的公开数据资源,它为研究者了解动脉粥样硬化斑块中细菌群落的组成提供了可获取的测序数据基础,适合用于微生物组与感染性疾病交叉方向的分析与探索。

【数据集背景】

动脉粥样硬化是一种常见的心血管病变,其发生发展过程与微生物感染及局部细菌群落的潜在作用受到研究关注。该数据集围绕动脉粥样硬化患者的动脉粥样硬化斑块样本,考察与之相关的细菌群落,属于感染性疾病领域下与心血管病变微生物学相关的研究数据。数据集的英文名称明确指向“与动脉粥样硬化患者动脉粥样硬化斑块相关的细菌群落”,说明其研究对象为患者斑块样本中的细菌群落组成。该数据集在分类上归入感染性疾病 / 其他,来源站为 ebi.ac.uk,属于公开可获取的数据资源。

【数据内容】

该数据集的核心数据为 16S rRNA 扩增子测序数据,用于刻画动脉粥样硬化斑块相关细菌群落的组成特征。16S rRNA 扩增子测序是微生物群落研究中常用的技术路线,通过对特定核糖体 RNA 基因区域的扩增与测序,获得样本中细菌群落的序列信息,进而支持群落组成与多样性的分析。数据集的主题标签包括感染性疾病、动脉粥样硬化、细菌群落与扩增子测序,反映出数据内容围绕斑块样本中的细菌群落展开。关于样本数量、测序区域、序列条数、具体操作分类单元数目等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,属于公开数据资源。其研究对象为动脉粥样硬化患者的动脉粥样硬化斑块,数据通过 16S rRNA 扩增子测序获得。关于样本采集的具体地点、采集时间、纳入患者数量、伦理审批信息以及样本处理流程等细节,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题与技术特征,该数据集可适用于动脉粥样硬化斑块细菌群落的相关研究,例如考察斑块样本中细菌群落的组成特征、开展微生物组层面的比较分析,以及作为感染性疾病与心血管病变交叉研究方向的数据资源。16S rRNA 扩增子测序数据的性质使其适合用于细菌群落组成与多样性的探索性分析。关于该数据集是否适用于特定疾病机制验证、临床诊断模型构建或其他具体应用,源站未提供。

【使用方法】

该数据集为公开数据集,可通过来源站 ebi.ac.uk 获取。使用时应依据 16S rRNA 扩增子测序数据的常规分析流程进行处理,包括序列质量控制、聚类或去噪、物种注释以及群落组成与多样性分析等。关于数据的具体文件格式、下载方式、配套元数据字段与分析建议,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于 16S rRNA 扩增子测序,其信息主要反映细菌群落的组成层面,关于绝对丰度、菌株水平分辨率以及非细菌成分等信息存在技术上的固有局限。关于该数据集的具体质量控制指标、测序深度、样本完整性以及数据缺失情况,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,使用时应遵循来源站的相关数据使用与引用规范。关于具体的引用文献、许可条款与使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB12836

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

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