鼠伤寒沙门菌与pimt基因缺失株比较RNA测序分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE320470

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在宿主体内，鼠伤寒沙门氏菌经受各种应激而得以存活。蛋白质是宿主炎症反应的主要靶标。鼠伤寒沙门氏菌编码两种关键的蛋白质修复酶，即甲硫氨酸亚砜还原酶（Msr）和蛋白质异天冬氨酸甲基转移酶（PIMT），它们可在不进行翻译合成的情况下重新激活受损蛋白质。在应激条件下，L-异天冬氨酸（Iso-asp）残基的积累会导致蛋白质形状和功能缺陷，进而损害细菌的存活。为探究pimt基因缺失引起的全局转录后果，对鼠伤寒沙门氏菌及Δpimt突变株进行了RNA测序。该数据集为研究pimt缺失对鼠伤寒沙门氏菌毒力和致病性的影响提供了全面的转录组资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。