无需DNA提取的细菌性脑膜炎病原体实时PCR检测方法开发
该数据集来自 plos.figshare.com，围绕脑膜炎奈瑟菌、流感嗜血杆菌和肺炎链球菌三种细菌性脑膜炎主要病原体，评估两种无需DNA提取的直接实时PCR方法（PerfeCTa 与 5x Omni），并与传统 TaqMan 实时PCR进行比较
基本信息
资源简介
无需DNA提取的细菌性脑膜炎病原体实时PCR检测方法开发
Development of Real-Time PCR Methods for the Detection of Bacterial Meningitis Pathogens without DNA Extraction
该数据集来自 plos.figshare.com，围绕脑膜炎奈瑟菌、流感嗜血杆菌和肺炎链球菌三种细菌性脑膜炎主要病原体，评估两种无需DNA提取的直接实时PCR方法（PerfeCTa 与 5x Omni），并与传统 TaqMan 实时PCR进行比较。数据包含4个补充表格文件，涉及五种种特异性及六种血清群特异性实时PCR检测，覆盖灵敏度、特异性与最低检出限等指标，可用于病原体检测方法比较与评估（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《Development of Real-Time PCR Methods for the Detection of Bacterial Meningitis Pathogens without DNA Extraction》发表于 PLOS ONE（2016），DOI：10.1371/journal.pone.0147765。源站首次发布：2016-02-01。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：脑膜炎奈瑟菌（Nm）、流感嗜血杆菌（Hi）和肺炎链球菌（Sp）是细菌性脑膜炎的主要病因。使用传统实时PCR（rt-PCR）从临床标本中检测这些病原体需要先进行DNA提取以去除PCR抑制剂，这既耗时又费力。在本研究中，使用PerfeCTa和5x Omni两种无需DNA提取的直接rt-PCR方法，评估了五种种特异性（Nm-sodC和-ctrA、Hi-hpd#1和-hpd#3以及Sp-lytA）和六种靶向Nm荚膜基因的血清群特异性rt-PCR检测（A、B、C、W、X、Y）。将两种直接rt-PCR方法的灵敏度和特异性与TaqMan传统rt-PCR（当前检测脑膜炎病原体的标准rt-PCR方法）进行比较。所有11项rt-PCR检测的LLD在TaqMan中为6,227至272,229 CFU/ml，1，
【数据结构与技术规格】
文件数 4 个，合计 130.55 KB。数据集 DOI：10.1371/journal.pone.0147765。
【主题与分类】
源站学科分类：Medicine、Microbiology、Cell Biology、Genetics、Molecular Biology、Biological Sciences not elsewhere classified。主题标签：Bacterial Meningitis Pathogens、processing CSF specimens、PCR、sensitivity、method、LLD、DNA extraction、5 x Omni、Nm capsular genes、PerfeCTa。本站分类：感染性疾病。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Medicine、Microbiology、Cell Biology、Genetics、Molecular Biology、Biological Sciences not elsewhere classified。
【获取与许可】
源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Development_of_Real_Time_PCR_Methods_for_the_Detection_of_Bacterial_Meningitis_Pathogens_without_DNA_Extraction/2619967
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Vuong, Jeni; Collard, Jean-Marc; J. Whaley, Melissa; Bassira, Issaka; Seidou, Issaka; Diarra, Seydou; et al. (2016). Development of Real-Time PCR Methods for the Detection of Bacterial Meningitis Pathogens without DNA Extraction. PLOS ONE. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-05-31，引用时请注意版本时效。
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数据集获取（Figshare）
- 源站标题：Development of Real-Time PCR Methods for the Detection of Bacterial Meningitis Pathogens without DNA Extraction
- DOI：10.1371/journal.pone.0147765
- 发布日期：2016-02-01
- 文件数：4 个
- 文件总体积：130.55 KB
- 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Development_of_Real_Time_PCR_Methods_for_the_Detection_of_Bacterial_Meningitis_Pathogens_without_DNA_Extraction/2619967
命令行下载
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curl -L -o "S2 Table.docx" "https://ndownloader.figshare.com/files/4270321"
curl -L -o "S3 Table.docx" "https://ndownloader.figshare.com/files/4270327"
curl -L -o "S4 Table.docx" "https://ndownloader.figshare.com/files/4270336"
文件清单
S1 Table.docx（31.70 KB）S2 Table.docx（29.67 KB）S3 Table.docx（39.54 KB）S4 Table.docx（29.64 KB）
文件总体积 130.55 KB（源站 API 实测）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据说明
脑膜炎奈瑟菌（Nm）、流感嗜血杆菌（Hi）和肺炎链球菌（Sp）是细菌性脑膜炎的主要致病菌。使用传统实时荧光定量PCR（rt-PCR）从临床标本中检测这些病原体，需要在检测前提取DNA以去除PCR抑制剂，这一过程耗时且费力。本研究评估了两种无需DNA提取的直接rt-PCR方法（分别使用PerfeCTa和5x Omni），针对五种种特异性检测（Nm-sodC和-ctrA、Hi-hpd#1和-hpd#3、Sp-lytA）以及六种针对Nm荚膜基因的血清群特异性rt-PCR检测（A、B、C、W、X、Y）进行了评价。将这两种直接rt-PCR方法的灵敏度和特异性与TaqMan传统rt-PCR（当前检测脑膜炎病原体的标准rt-PCR方法）进行了比较。11项rt-PCR检测的最低检测限（LLD）范围分别为：TaqMan为6,227至272,229 CFU/ml，5x Omni为1,824至135,982 CFU/ml，PerfeCTa为168至6,836 CFU/ml。使用TaqMan的诊断灵敏度范围为89.2%至99.6%，但NmB-csb除外，其灵敏度为69.7%。对于5x Omni，灵敏度范围为67.1%至99.8%，其中三项检测低于90%。
使用PerfeCTa的这些检测的灵敏度范围为89.4%至99.8%。对于TaqMan、5x Omni和PerfeCTa，11项检测的特异性范围分别为98.0-99.9%、97.5-99.9%和92.9-99.9%。与5x Omni直接rt-PCR或TaqMan传统rt-PCR相比，PerfeCTa直接rt-PCR展现出相似或更高的灵敏度。由于直接rt-PCR方法无需DNA提取，它减少了处理CSF样本的时间和成本，提高了检测通量，降低了交叉污染的风险，并节约了宝贵的CSF。直接rt-PCR方法将有利于检测量大的实验室。
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0147765（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/Development_of_Real_Time_PCR_Methods_for_the_Detection_of_Bacterial_Meningitis_Pathogens_without_DNA_Extraction/2619967）。
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