肝硬化患者生物标本中念珠菌属的分子定量与鉴别
该数据集来自 plos.figshare.com，配套 PLOS ONE 论文，聚焦肝硬化患者生物标本中念珠菌属的分子定量与鉴别
基本信息
资源简介
肝硬化患者生物标本中念珠菌属的分子定量与鉴别
Molecular quantification and differentiation of Candida species in biological specimens of patients with liver cirrhosis
该数据集来自 plos.figshare.com，配套 PLOS ONE 论文，聚焦肝硬化患者生物标本中念珠菌属的分子定量与鉴别。研究采用靶向 18S rRNA 基因的实时 PCR，结合直接测序和末端限制性片段长度多态性（T-RFLP），检测真菌 DNA 并定量、区分 Candida DNA，包括多真菌标本。共纳入 135 例肝硬化患者的 281 份样本（血液 135、腹水 92、十二指肠液 54）及 26 例对照患者的 52 份样本（血液 26、十二指肠液 26），并同步进行标准微生物培养作比较。数据含 6 个文件，可用于真菌检测方法学比较与念珠菌分子鉴别研究（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《Molecular quantification and differentiation of Candida species in biological specimens of patients with liver cirrhosis》发表于 PLOS ONE（2018），DOI：10.1371/journal.pone.0197319。源站首次发布：2018-06-13。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：肝硬化患者易发生真菌感染。由于培养法敏感性低，我们采用靶向 18S rRNA 基因的实时 PCR 检测，结合直接测序和末端限制性片段长度多态性（T-RFLP），以建立一种检测真菌 DNA 并定量和区分 Candida DNA（包括多真菌标本）的新工具。前瞻性收集了 135 例肝硬化患者的 281 份样本（血液 n = 135，腹水 n = 92，十二指肠液 n = 54）和 26 例对照患者的 52 份样本（血液 n = 26，十二指肠液 n = 26）。对所有样本中的 Candida DNA 进行了定量。同时进行标准微生物培养以作比较。无论患者队列如何，血液和腹水样本均显示方法无关的低真菌检出率，约为 1%，且 Candida DNA
【数据结构与技术规格】
文件数 6 个，合计 6.00 MB。数据集 DOI：10.1371/journal.pone.0197319。
【主题与分类】
源站学科分类：Microbiology、Genetics、Molecular Biology、Biotechnology、Chemical Sciences not elsewhere classified、Ecology。主题标签：fluid n、PCR、culture、Candida species、Candida DNA、3.8 x 10 5 copies ml、3.0 x 10 1 copies ml、18 S rRNA gene、Candida DNA content level、sample。本站分类：消化系统疾病。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Microbiology、Genetics、Molecular Biology、Biotechnology、Chemical Sciences not elsewhere classified、Ecology。
【获取与许可】
源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Molecular_quantification_and_differentiation_of_i_Candida_i_species_in_biological_specimens_of_patients_with_liver_cirrhosis/6511799
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Krohn, Sandra; Zeller, Katharina; Böhm, Stephan; Chatzinotas, Antonis; Harms, Hauke; Hartmann, Jan; et al. (2018). Molecular quantification and differentiation of Candida species in biological specimens of patients with liver cirrhosis. PLOS ONE. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-06-01，引用时请注意版本时效。
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数据集获取（Figshare）
- 源站标题：Molecular quantification and differentiation of <i>Candida</i> species in biological specimens of patients with liver cirrhosis
- DOI：10.1371/journal.pone.0197319
- 发布日期：2018-06-13
- 文件数：6 个
- 文件总体积：6.00 MB
- 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Molecular_quantification_and_differentiation_of_i_Candida_i_species_in_biological_specimens_of_patients_with_liver_cirrhosis/6511799
命令行下载
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文件清单
pone.0197319.s001.pdf（83.19 KB）pone.0197319.s002.pdf（79.65 KB）pone.0197319.s003.pdf（215.15 KB）pone.0197319.s004.pdf（18.38 KB）pone.0197319.s005.tif（5.46 MB）pone.0197319.s006.tif（138.99 KB）
文件总体积 6.00 MB（源站 API 实测）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据说明
肝硬化患者易发生真菌感染。由于基于培养的方法敏感性低，我们采用了一种靶向18S rRNA基因的实时PCR检测方法，结合直接测序和末端限制性片段长度多态性（T-RFLP）分析，旨在建立一种新型工具，用于检测真菌DNA，并对念珠菌DNA进行定量和鉴别，包括在多真菌标本中。共前瞻性收集了来自135例肝硬化患者的281份样本（血液n=135，腹水n=92，十二指肠液n=54）以及来自26例对照患者的52份样本（血液n=26，十二指肠液n=26）。对所有样本中的念珠菌DNA进行了定量。同时进行标准微生物培养以作比较。无论患者队列如何，血液和腹水样本均显示出与方法无关的低真菌检出率，约为1%，且任何样本中的念珠菌DNA含量水平均未超过3.0x101 copies ml-1。相比之下，在肝硬化患者的十二指肠液中，使用基于PCR和基于培养的技术均发现了高真菌检出率（81.5% vs.
66.7%；p = 0.123），念珠菌DNA的中位水平为3.8x10^5拷贝/毫升（2.3x10^2-6.3x10^9）。在肝硬化患者和对照组中，真菌培养阳性结果经PCR确认的占96%，另有44%的培养阴性十二指肠样本经PCR检测为阳性。采用T-RFLP分析十二指肠样本，总体上85%的微生物培养结果得到确认，而在75%的培养阴性但PCR阳性的样本中，可鉴定出额外的念珠菌菌种。总之，基于PCR的方法及随后对念珠菌DNA的区分，可能为无需预先培养即可鉴定念珠菌菌种提供一种快速途径。
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0197319（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/Molecular_quantification_and_differentiation_of_i_Candida_i_species_in_biological_specimens_of_patients_with_liver_cirrhosis/6511799）。
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