嗜肺军团菌小鼠巨噬细胞实验演化数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.95mt02sb

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 2.44 GB。

数据说明

革兰氏阴性菌嗜肺军团菌是一种原虫寄生虫，也是人类偶然的胞内病原体。我们提出一个模型，认为在环境中通过多种原虫宿主循环，使嗜肺军团菌作为一种广宿主范围病原体处于进化停滞状态。采用实验进化方法，我们通过将嗜肺军团菌限制在小鼠巨噬细胞内生长数百代来检验这一假说。全基因组重测序和高通量基因分型鉴定出若干平行适应性突变和种群动态，这些突变和动态导致巨噬细胞内复制能力提高。基于这些结果，我们提供了实验进化中细菌种群动态的详细视图，其间穿插着频繁的短暂克隆干扰和选择性清除。鞭毛调控因子fleN中的非同义点突变导致摄取增加，并在巨噬细胞和阿米巴中广泛增加复制。赖氨酸生物合成途径多个步骤的突变也被独立分离出来，导致赖氨酸营养缺陷型及在阿米巴中复制减少。

这些结果表明，在实验室条件下，宿主限制足以迅速改变嗜肺军团菌的适应性和宿主范围。我们假设，在环境中，宿主循环通过维持对巨噬细胞和其他宿主生长有害的途径，阻止了嗜肺军团菌的宿主特化。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。