单细胞分辨率下早期人类胎盘对病原体的急性反应

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/5f80428b-222d-450b-a7de-a408186ceb86

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胎盘是母胎之间具有选择性的屏障，可提供营养并防御感染。然而，某些病原体能够附着于胎盘，甚至穿过胎盘，导致妊娠并发症，并可能对儿童健康产生终身影响。在此，我们在单细胞水平上分析了胎盘对三种与宫内并发症相关的病原体——恶性疟原虫、单核细胞增生李斯特菌和刚地弓形虫——的应答。我们发现，在暴露于这些病原体后，所有胎盘谱系都会触发炎症反应，这可能损害胎盘功能。此外，我们刻画了被称为霍夫鲍尔细胞（Hofbauer cells, HBCs）的胎儿巨噬细胞对每种病原体的反应，并提出它们可能是刚地弓形虫的适宜生态位。最后，我们揭示了恶性疟原虫如何通过调节向宿主红细胞输出蛋白质以及营养摄取途径来适应胎盘微环境。总之，我们确定了介导急性胎盘炎症反应的细胞网络和信号通路，这些可能促成妊娠并发症。疾病：三日疟疟疾、李斯特菌病、正常、弓形虫病。

组织：胎盘。检测方法：10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。