巴西两栖动物历史性衰退与灭绝与壶菌病关联数据

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源站：https://doi.org/10.5061/dryad.4t53n

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数据集大小约 821.8 KB。

数据说明

新发真菌病害的增多正对生物多样性构成前所未有的威胁。蛙类杀手真菌Batrachochytrium dendrobatidis（Bd）的传播起源一直存在争议。迄今为止，巴西历史上的两栖动物种群衰退无法归因于壶菌病；宿主的高度多样性加之在报道的衰退之前就已存在的多个Bd谱系，引出了一个假说：一种高毒力的Bd基因型从巴西传播至其他大陆，导致了近期全球两栖动物危机。我们检验了Bd与巴西历史上两栖动物种群衰退及灭绝区域之间是否存在时空重叠。Bd与种群衰退之间的时空汇聚将支持以下假说：在报道的衰退之前，巴西两栖动物并未适应Bd，从而削弱了巴西是全球Bd出现起源地的假说。反之，若Bd与蛙类衰退之间缺乏时空关联，则表明巴西蛙类的宿主抗性演化早于Bd的全球出现，进一步支持巴西是Bd大流行的潜在起源地。

在此，我们对1930年至2015年间在巴西采集并保存于博物馆的3万余只蝌蚪进行了Bd筛查，并将Bd的时空数据与历史上两栖动物数量下降的区域进行了叠加分析。我们发现，在两栖动物数量下降的高峰期（1979-1987年），感染Bd的蝌蚪比例有所增加。我们还发现，Bd阳性样本的聚集区在时空上与巴西大西洋森林中大多数两栖动物数量下降的记录相重叠。我们的研究结果表明，巴西正处于壶菌病的后流行期，并为解释Bd全球起源的谜题提供了另一块拼图。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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