野生澳大利亚兔对RHD病毒抗性的全基因组比较数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.nd4dp

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数据集大小约 172.1 MB。

数据说明

解读与疾病抗性相关的基因，对于我们理解宿主与病原体的协同进化过程至关重要。兔出血症病毒（RHDV）于1995年被引入澳大利亚，作为生物控制手段，用以管理最为成功且破坏性极强的入侵物种之一——欧洲兔（Oryctolagus cuniculus）。在疾病首次爆发期间，RHDV导致的死亡率高达97%。然而，近期有报道指出，兔子对RHDV的遗传抗性有所增强。本研究旨在通过全基因组下一代测序（NGS）方法，识别在自然感染RHDV后存活下来的兔子与田间死亡兔子之间的基因组差异。我们发现了72个单核苷酸多态性（SNPs），对应133个与RHD感染后存活相关的基因。大多数已识别的基因在病毒感染与复制、免疫反应或细胞凋亡中具有已知功能，或者此前已被发现于RHD期间受到调控。

然而，实验研究中发现的一些基因在自然选择条件下似乎并未发挥作用，这凸显了野外研究对于补充野生动物疾病基因组背景的重要性。我们的研究提供了一套候选标记，可作为未来筛查野兔对RHDV抗性的工具。这对于南欧的野兔种群尤为重要，因为在那里RHD被视为一个严重问题，大量减少了濒危捕食者物种的猎物，同时对于评估澳大利亚目前计划的RHDV变异株生物控制释放的成功与否也至关重要。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。