GNPS - 艰难梭菌clostridithiol基因在大肠杆菌中的异源表达
该数据集来自 omicsdi.org，主题为代谢组学，属于感染 / 艰难梭菌感染分类。数据涉及将艰难梭菌野生型 630 中一个或两个推定 clostridithiol 生物合成基因在大肠杆菌 BL21(DE3) 中进行异源表达，并在改良最小培养基的液体培养物中检测 clostridithiols
基本信息
资源简介
GNPS - 艰难梭菌clostridithiol基因在大肠杆菌中的异源表达
该数据集英文名为 GNPS - Heterologous expression of clostridithiol genes from Clostridioides difficile in Escherichia coli，来源于 omicsdi.org，主题标签为代谢组学，所属分类为感染 / 艰难梭菌感染。数据集围绕艰难梭菌野生型 630 中一个或两个推定 clostridithiol 生物合成基因在大肠杆菌 BL21(DE3) 中的异源表达展开，并在改良最小培养基的液体培养物中检测 clostridithiols。整体来看，该数据集属于代谢组学与感染研究交叉方向的数据资源，关注艰难梭菌相关次级代谢产物在异源宿主中的表达与检测，可为艰难梭菌感染相关代谢产物研究提供数据基础。
【数据集背景】
艰难梭菌感染是感染研究领域的重要方向之一，而艰难梭菌野生型 630 是该数据集涉及的基因来源菌株。数据集聚焦于 clostridithiol 生物合成相关基因，这些基因被推定参与 clostridithiol 的生物合成。为了研究这些基因的功能及其产物，研究者将其中一个或两个推定基因导入大肠杆菌 BL21(DE3) 中进行异源表达。异源表达策略常用于在较易操作的宿主中研究特定基因的功能，并检测其可能产生的代谢产物。该数据集即在这一背景下产生，旨在通过代谢组学手段检测异源表达体系中是否生成 clostridithiols。
【数据内容】
数据集的主题标签为代谢组学，核心内容涉及在异源表达条件下检测 clostridithiols。具体而言，数据对应的是将一个或两个推定 clostridithiol 生物合成基因在大肠杆菌 BL21(DE3) 中表达后，于改良最小培养基的液体培养物中进行检测所得的信息。数据集名称中包含 GNPS，表明其与 GNPS 相关数据资源存在关联。关于数据的具体样本数量、代谢物种类、检测峰数量、质谱参数、原始数据文件格式等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源站为 omicsdi.org。根据源站描述，检测对象为来自艰难梭菌野生型 630 的一个或两个推定 clostridithiol 生物合成基因在大肠杆菌 BL21(DE3) 中异源表达后产生的 clostridithiols。培养条件为改良最小培养基的液体培养物。关于样本采集时间、生物学重复数量、培养温度、诱导条件、检测仪器型号、色谱与质谱方法等具体采集信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于代谢组学相关研究，尤其是与艰难梭菌感染相关的代谢产物检测与异源表达研究。潜在应用包括：研究艰难梭菌野生型 630 中推定 clostridithiol 生物合成基因的功能；评估一个或两个基因在大肠杆菌 BL21(DE3) 中异源表达后能否产生 clostridithiols；以及为后续艰难梭菌感染相关代谢标志物或次级代谢产物研究提供参考。关于该数据集是否适用于临床诊断、药物开发或特定统计分析流程，源站未提供。
【使用方法】
该数据集来自 omicsdi.org，主题为代谢组学。使用者可根据来源站提供的数据访问方式获取数据，并结合代谢组学分析流程进行研究。由于源站未提供具体的数据格式、预处理步骤、分析软件或参数设置，使用方法中的技术细节需以源站实际提供的信息为准。关于是否需要进行归一化、峰识别、数据库比对等步骤，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于异源表达体系，涉及艰难梭菌野生型 630 来源的一个或两个推定 clostridithiol 生物合成基因在大肠杆菌 BL21(DE3) 中的表达，并在改良最小培养基液体培养物中检测 clostridithiols。其限制在于，源站未提供样本量、重复数、检测限、定量结果、统计分析方法及数据完整性等信息，因此无法对数据质量进行进一步评估。此外，异源表达体系中的代谢产物检测结果是否完全代表原宿主中的情况，源站未提供相关说明。
【引用与许可】
该数据集来源站为 omicsdi.org，英文名称为 GNPS - Heterologous expression of clostridithiol genes from Clostridioides difficile in Escherichia coli。关于引用方式、作者列表、发表文献、数据许可协议及使用条款，源站未提供。
下载信息
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无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/gnps/MSV000098169
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Detection of clostridithiols from heterologous expression of one or both putative genes for clostridithiol biosynthesis (originating from Clostridioides difficile wild-type 630) in liquid cultures of E. coli BL21(DE3) grown in modified minimal medium
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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