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时间序列

创建/更新时间

2026-10-12

资源简介

GNPS - 艰难梭菌中clostridithiol化合物的化学表征

本数据集聚焦于艰难梭菌（Clostridioides difficile）中一类被称为 clostridithiol 的化合物的化学表征，属于感染 / 艰难梭菌感染这一分类方向，主题标签为代谢组学（Metabolomics）。数据集来源于 omicsdi.org，核心工作是在改良最小培养基中对艰难梭菌液体培养物进行稳定同位素标记，通过补充含碳-13 或氘标记的多胺及相关前体，使目标化合物 clostridithiol 1–8 被标记，随后以 30 eV 碰撞能量采集这些目标化合物的 MS/MS 数据。此外，数据集还包含纯化合成标准品的数据文件，用于与生物样本中的标记化合物进行比对，从而支持化合物结构确认与代谢途径研究。

【数据集背景】

艰难梭菌是一种重要的感染性病原体，其代谢产物研究有助于理解该菌在感染过程中的生理状态与致病机制。clostridithiol 类化合物是其中受到关注的一类目标分子。为了在复杂培养体系中追踪这些化合物的生成与转化，研究者采用稳定同位素标记策略，在改良最小培养基中补充含碳-13 或氘标记的多胺及相关前体，使目标化合物在代谢过程中被同位素标记。这一设计为后续基于质谱的检测与结构解析提供了可区分的信号特征。

【数据内容】

数据集涵盖 clostridithiol 化合物 1–8 在艰难梭菌液体培养物中的稳定同位素标记实验。实验条件包括在改良最小培养基中补充多胺及相关前体，这些前体带有碳-13 或氘标记。针对目标化合物，采集了 MS/MS 数据，碰撞能量设定为 30 eV。除生物样本数据外，数据集还提供纯化合成标准品的数据文件，用于与培养物中标记后的目标化合物进行比对。主题标签为代谢组学，表明数据以质谱代谢组学分析为核心。

【采集与来源】

数据来源于 omicsdi.org。样本体系为艰难梭菌液体培养物，培养基为改良最小培养基，并在其中补充含碳-13 或氘标记的多胺及相关前体，以实现稳定同位素标记。质谱采集针对目标化合物进行，MS/MS 碰撞能量为 30 eV。纯化合成标准品的数据文件同样被纳入，用于比对。数据集英文名称为 GNPS - Chemical characterization of clostridithiol compounds in Clostridioides difficile，本站分类为感染 / 艰难梭菌感染。

【适用场景】

该数据集适用于艰难梭菌代谢产物研究，尤其是针对 clostridithiol 类化合物的结构表征与代谢追踪。稳定同位素标记结合 MS/MS 数据可用于区分目标化合物及其标记形式，辅助解析多胺及相关前体在改良最小培养基中的代谢流向。纯化合成标准品数据可用于与生物样本中的信号进行比对，支持化合物鉴定。主题标签为代谢组学，因此也适合代谢组学方法开发、质谱数据解析以及感染相关代谢研究等场景。

【使用方法】

使用时可结合目标化合物的 MS/MS 数据与纯化合成标准品的数据文件进行比对，以辅助确认 clostridithiol 1–8 的信号归属。由于实验采用了含碳-13 或氘标记的多胺及相关前体，数据分析时需考虑同位素标记带来的质量偏移与碎片模式变化。MS/MS 采集条件为 30 eV 碰撞能量，比较时应保持或注意碰撞能量的匹配。具体的数据处理流程、软件参数与统计方法未在来源描述中说明，源站未提供。

【质量与限制】

数据集提供了稳定同位素标记实验的 MS/MS 数据以及纯化合成标准品数据文件，采集条件明确为 30 eV 碰撞能量。然而，关于样本重复数、仪器型号、色谱条件、数据预处理步骤、定量结果及统计验证等信息，源站未提供。因此，在复用数据时需注意这些限制，不能推断未给出的性能指标或结论。此外，数据仅针对 clostridithiol 化合物 1–8 及相应标准品，未涵盖其他代谢物的系统分析。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款，源站未提供。使用前应查阅 omicsdi.org 上对应条目的原始说明，以获取准确的引用要求与使用许可。

原始链接

https://omicsdi.org/dataset/gnps/MSV000098168

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使用方式

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/gnps/MSV000098168

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Stable isotope labeling of clostridithiol compounds 1-8 in liquid cultures of Clostridioides difficile upon supplementation of polyamines & relevant precursors containing carbon-13/deuterium labels in a modified minimal media. MS/MS of targeted compounds was collected at 30 eV collision energy. Datafiles for purified synthetic standards are also provided for comparison.

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别