HSV-1 基因组数量性状位点致病决定因子定位：小鼠眼部感染中参与病毒调控与先天免疫网络的基因影响致病性
该数据集来自 PLOS Pathogens 2016 年论文的配套数据，包含 4 个 Excel 表格文件，围绕 HSV-1 基因组数量性状位点（QTL）致病决定因子定位研究
基本信息
资源简介
HSV-1 基因组数量性状位点致病决定因子定位：小鼠眼部感染中参与病毒调控与先天免疫网络的基因影响致病性
Quantitative Trait Locus Based Virulence Determinant Mapping of the HSV-1 Genome in Murine Ocular Infection: Genes Involved in Viral Regulatory and Innate Immune Networks Contribute to Virulence
该数据集来自 PLOS Pathogens 2016 年论文的配套数据，包含 4 个 Excel 表格文件，围绕 HSV-1 基因组数量性状位点（QTL）致病决定因子定位研究。研究对 40 个 OD4:CJ994 重组病毒的眼部致病表型（睑缘炎、基质角膜炎评分及眼内病毒滴度）进行定量分析，并开展 vQTLmap 定位与致病相关 SNP 识别。数据可用于探索 HSV-1 眼部致病性的遗传基础、病毒调控与先天免疫网络相关基因，以及支持 QTL 定位与回归建模分析（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《Quantitative Trait Locus Based Virulence Determinant Mapping of the HSV-1 Genome in Murine Ocular Infection: Genes Involved in Viral Regulatory and Innate Immune Networks Contribute to Virulence》发表于 PLOS Pathogens（2016），DOI：10.1371/journal.ppat.1005499。源站首次发布：2016-03-10。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：1 型单纯疱疹病毒引起皮肤黏膜病变，是美国感染性失明的主要原因。动物研究表明，HSV-1 眼部疾病的严重程度受三个主要因素影响：先天免疫、宿主免疫反应和病毒株。我们此前发现，用两种无毒力 HSV-1 株（OD4 和 CJ994）混合感染产生的重组体表现出从严重到无毒力的多种疾病表型，提示涉及上位性相互作用。本研究的目的是对 HSV-1 眼部致病决定因子进行数量性状位点（QTL）分析，并识别致病相关 SNP。对 40 个 OD4:CJ994 重组体的睑缘炎和基质角膜炎定量评分进行了表征。还测量了眼内病毒滴度。进行了致病性数量性状位点定位（vQTLmap）
【数据结构与技术规格】
文件数 4 个，合计 149.95 KB。数据集 DOI：10.1371/journal.ppat.1005499。
【主题与分类】
源站学科分类：Medicine、Microbiology、Genetics、Environmental Sciences not elsewhere classified、Ecology、Immunology。主题标签：Several novel polymorphisms、trait locus mapping、HSV、Quantitative Trait Locus、phenotypically、stromal keratitis、OD、SNP、Virulence Determinant Mapping、Ridge regression model。本站分类：免疫系统疾病。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Medicine、Microbiology、Genetics、Environmental Sciences not elsewhere classified、Ecology、Immunology。
【获取与许可】
源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Quantitative_Trait_Locus_Based_Virulence_Determinant_Mapping_of_the_HSV_1_Genome_in_Murine_Ocular_Infection_Genes_Involved_in_Viral_Regulatory_and_Innate_Immune_Networks_Contribute_to_Virulence/3109276
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：W. Kolb, Aaron; Lee, Kyubin; Larsen, Inna; Craven, Mark; R. Brandt, Curtis (2016). Quantitative Trait Locus Based Virulence Determinant Mapping of the HSV-1 Genome in Murine Ocular Infection: Genes Involved in Viral Regulatory and Innate Immune Networks Contribute to Virulence. PLOS Pathogens. Datas…
【使用注意】
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数据集获取（Figshare）
- 源站标题：Quantitative Trait Locus Based Virulence Determinant Mapping of the HSV-1 Genome in Murine Ocular Infection: Genes Involved in Viral Regulatory and Innate Immune Networks Contribute to Virulence
- DOI：10.1371/journal.ppat.1005499
- 发布日期：2016-03-10
- 文件数：4 个
- 文件总体积：149.95 KB
- 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Quantitative_Trait_Locus_Based_Virulence_Determinant_Mapping_of_the_HSV_1_Genome_in_Murine_Ocular_Infection_Genes_Involved_in_Viral_Regulatory_and_Innate_Immune_Networks_Contribute_to_Virulence/3109276
命令行下载
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文件清单
S1 Table.xlsx（50.84 KB）S2 Table.xlsx（26.72 KB）S3 Table.xlsx（25.34 KB）S4 Table.xlsx（47.04 KB）
文件总体积 149.95 KB（源站 API 实测）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据说明
1型单纯疱疹病毒可引起皮肤黏膜病变，是美国感染性失明的主要原因。动物研究表明，HSV-1眼部疾病的严重程度受三个主要因素影响：先天免疫、宿主免疫反应和病毒株。我们此前的研究显示，两种无毒性HSV-1毒株（OD4和CJ994）混合感染产生的重组体表现出从严重到无毒的多种疾病表型，提示涉及上位性相互作用。本研究旨在对HSV-1眼部毒力决定因素进行数量性状位点（QTL）分析，并鉴定与毒力相关的SNP。对40个OD4:CJ994重组体的睑炎和基质角膜炎定量评分进行了表征，同时测定了眼部病毒滴度。采用Lasso、随机森林和岭回归方法进行毒力数量性状位点定位（vQTLmap），以鉴定每种眼部疾病参数具有显著表型意义区域。最具预测性的岭回归模型鉴定了若干对睑炎和基质角膜炎具有表型意义的SNP。
值得注意的是，在UL24、UL29（ICP8）、UL41（VHS）、UL53（gK）、UL54（ICP27）、UL56、ICP4、US1（ICP22）、US3和gG基因中检测到了具有表型意义的非同义变异。网络分析显示，其中许多变异位于HSV-1调控网络及影响先天免疫的病毒基因中。识别出了若干先前被认为与毒力相关的基因，验证了该方法的有效性，同时还有其他新基因。在这些基因中还鉴定出了若干新的多态性。该方法提供了一个框架，将有助于鉴定其他致病病毒中的毒力基因，以及影响HSV-1眼部毒力的上位效应。
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.ppat.1005499（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/Quantitative_Trait_Locus_Based_Virulence_Determinant_Mapping_of_the_HSV_1_Genome_in_Murine_Ocular_Infection_Genes_Involved_in_Viral_Regulatory_and_Innate_Immune_Networks_Contribute_to_Virulence/3109276）。
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