Name: 皮肤溃疡—基因-疾病关联（重度痤疮DNA甲基化遗传风险表）
Creator: 千方医数集科研发现管道
License: CC BY 4.0

基本信息

模态

医学影像

大小

0.00001169 GB

任务类型

分类

许可

CC BY 4.0

创建/更新时间

2023-07-24

版本

v1

资源简介

皮肤溃疡—基因-疾病关联（重度痤疮DNA甲基化遗传风险表）

Table_3_DNA methylation mediated genetic risk in severe acne in a young men population.XLSX

本数据集来自 frontiersin.figshare.com，对应一篇关于年轻男性重度痤疮 DNA 甲基化介导遗传风险的研究表格文件，文件为 XLSX 格式，共 1 个文件。源站描述显示，研究基于 44 例重度痤疮患者与 44 例未患病正常对照的外周血全基因组 DNA 甲基化分析，并鉴定出 23 个差异甲基化位点，探讨 DNA 甲基化、遗传变异与痤疮之间的关系。数据可服务于痤疮遗传与表观遗传关联分析、methQTL 相关研究及皮肤疾病风险预测等场景（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。

【数据集背景】

配套论文《Epigenome-wide association data implicates DNA methylation-mediated genetic risk in psoriasis》发表于 Clinical Epigenetics（2016），DOI：10.1186/s13148-016-0297-z。源站首次发布：2023-07-24。

【数据内容】

源站描述（机器翻译，仅供参考）：背景：痤疮是一种慢性炎症性皮肤病，累及毛囊皮脂腺，受遗传、激素、炎症和环境因素影响。目前公认的发病机制主要包括四类：皮脂分泌过多、痤疮丙酸杆菌过度增殖、毛囊皮脂腺过度角化以及炎症机制。既往研究发现 DNA 甲基化与部分慢性炎症性皮肤病密切相关，且有证据表明 DNA 甲基化受遗传因素调控，这促使我们希望了解 DNA 甲基化、遗传变异与痤疮之间的关系。材料与方法：在我们既往的研究中，我们对 44 例重度痤疮患者和 44 例未患病正常受试者的外周血样本进行了全基因组 DNA 甲基化分析，并鉴定出 23 个差异甲基化位点

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个，合计 11.69 KB。数据集 DOI：10.3389/fmed.2023.1196149.s003。

【主题与分类】

源站学科分类：Radiology and Organ Imaging、Foetal Development and Medicine、Obstetrics and Gynaecology、Primary Health Care、Medical and Health Sciences not elsewhere classified、Dermatology。主题标签：severe acne、SNP、DNA methylation、genetic risk、methQTL。本站分类：皮肤与结缔组织疾病/痤疮。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Radiology and Organ Imaging、Foetal Development and Medicine、Obstetrics and Gynaecology、Primary Health Care、Medical and Health Sciences not elsewhere classified、Dermatology。

【获取与许可】

源站页面：https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Table_3_DNA_methylation_mediated_genetic_risk_in_severe_acne_in_a_young_men_population_XLSX/23734704

使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。

规范引用：Wu, Yujia; Chen, Yun; Chen, Bo; Wu, Wenjuan; Yang, Jiankang (2023). Table_3_DNA methylation mediated genetic risk in severe acne in a young men population.XLSX. Frontiers. Dataset

原始链接

https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Table_3_DNA_methylation_mediated_genetic_risk_in_severe_acne_in_a_young_men_population_XLSX/23734704

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使用方式

数据集获取（Figshare）

源站标题：Table_3_DNA methylation mediated genetic risk in severe acne in a young men population.XLSX
DOI：10.3389/fmed.2023.1196149.s003
发布日期：2023-07-24
文件数：1 个
文件总体积：11.69 KB
源站页面：https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Table_3_DNA_methylation_mediated_genetic_risk_in_severe_acne_in_a_young_men_population_XLSX/23734704

命令行下载

curl -L -o "Table_3_DNA methylation mediated genetic risk in severe acne in a young men population.XLSX" "https://ndownloader.figshare.com/files/41670051"

文件清单

Table_3_DNA methylation mediated genetic risk in severe acne in a young men population.XLSX（11.69 KB）

文件总体积 11.69 KB（源站 API 实测）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

背景痤疮是一种慢性炎症性皮肤病，累及毛囊皮脂腺单位，受遗传、激素、炎症和环境因素影响。目前公认的发病机制主要包括四类：皮脂分泌过多、痤疮丙酸杆菌过度增殖、毛囊皮脂腺过度角化以及炎症机制。既往研究发现DNA甲基化与某些慢性炎症性皮肤病密切相关，且有证据表明DNA甲基化受遗传因素调控，这使我们希望了解DNA甲基化、遗传变异与痤疮之间的关系。材料与方法在我们前期研究中，对44例重度痤疮患者和44例未患病正常对照者的外周血样本进行了全基因组DNA甲基化分析，鉴定出23个差异甲基化探针（DMPs）。本研究通过在这88份样本中进行全基因组关联分析，鉴定了与重度痤疮相关的单核苷酸多态性（SNPs）。

为检验SNP与DMP之间的关联，我们进行了DNA甲基化数量性状位点（methQTL）分析。随后，采用因果推断检验（CIT）来确定遗传变异是否影响DNA甲基化，进而影响疾病表型。结果我们发现38,269个与重度痤疮相关的SNP。通过methQTL分析，我们获得了24个达到阈值的SNP-CpG对（FDR在本研究中，发现某些基因的DNA甲基化受遗传因素影响，并在中国年轻男性人群中介导了重度痤疮的风险，为重度痤疮的发病机制提供了新的视角。