Name: 鸡免疫性状全基因组关联研究数据
Creator: Dryad
License: Creative Commons Zero v1.0 Universal

基本信息

模态

基因组

大小

0.153159485 GB

任务类型

回归

许可

Creative Commons Zero v1.0 Universal

创建/更新时间

2026-10-07

资源简介

鸡免疫性状全基因组关联研究数据

家禽抗病性的遗传改良仍然是一项挑战。为鉴定负责这些性状的候选基因和位点，利用鸡60k高密度单核苷酸多态性（SNP）芯片对六项免疫性状进行了全基因组关联研究，包括血清总免疫球蛋白Y（IgY）水平、异嗜性粒细胞和淋巴细胞的数量及比值，以及对禽流感病毒（AIV）和绵羊红细胞（SRBC）的抗体反应

Data from: The identification of loci for immune traitsin chickens using a genome-wide association study

【数据集背景】

源站首次发布：2015。

【数据内容】

源站描述（机器翻译，仅供参考）：家禽抗病性的遗传改良仍然是一项挑战。为鉴定负责这些性状的候选基因和位点，利用鸡60k高密度单核苷酸多态性（SNP）芯片对六项免疫性状进行了全基因组关联研究，包括血清总免疫球蛋白Y（IgY）水平、异嗜性粒细胞和淋巴细胞的数量及比值，以及对禽流感病毒（AIV）和绵羊红细胞（SRBC）的抗体反应。采用RT-qPCR对鉴定出的候选基因的相对表达量进行定量。共鉴定出9个显著关联的SNP（P < 2.81E-06）和30个达到提示性显著水平的SNP（P < 5.62E-05）。在与SRBC抗体反应提示性关联的10个SNP中，有5个位于先前报道的QTL区域内或附近。有15个SNP达到提示性显著水平。

【主题与分类】

主题标签：鸡、免疫性状、全基因组关联研究、SNP、IgY、抗体反应、血液及造血器官疾病。本站分类：血液及造血器官疾病。

【获取与许可】

源站页面：https://datadryad.org/dataset/doi:10.5061/dryad.8m4r5

使用许可：Creative Commons Zero v1.0 Universal。

原始链接

https://doi.org/10.5061/dryad.8m4r5

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源站：https://doi.org/10.5061/dryad.8m4r5

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- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 153.2 MB。

数据说明

禽类抗病性的遗传改良一直是一项挑战。为鉴定与这些性状相关的候选基因和位点，利用鸡60k高密度单核苷酸多态性（SNP）芯片，针对六项免疫性状——血清总免疫球蛋白Y（IgY）水平、异嗜性白细胞和淋巴细胞的数量及其比值，以及针对禽流感病毒（AIV）和绵羊红细胞（SRBC）的抗体反应——进行了全基因组关联研究。采用RT-qPCR技术对已鉴定的候选基因的相对表达量进行了定量分析。共鉴定出9个显著关联的SNP（P < 2.81E-06）和30个达到提示性显著水平的SNP（P < 5.62E-05）。在与SRBC抗体反应提示性相关的10个SNP中，有5个位于先前报道的QTL区域内或附近。15个SNP在AIV抗体滴度方面达到提示性显著水平，其中7个位于Z性染色体上。针对异嗜性白细胞和淋巴细胞数量及异嗜性白细胞/淋巴细胞比值，共鉴定出涉及5个不同SNP的7个提示性标记。

9个显著的单核苷酸多态性（SNPs）均位于16号染色体上，与血清总IgY浓度显著相关，其中最显著的5个SNPs位于一个狭窄区域，跨度从6.4kb到253.4kb（P值范围从1.20E-14到5.33E-08）。在检测该区域内五个候选基因（IL4I1、CD1b、GNB2L1、TRIM27和ZNF692）的表达后，发现IL4I1和CD1b转录本的变化与IgY浓度一致，而TRIM27和ZNF692的丰度则与IgY浓度呈相反变化。本研究在北京油鸡中揭示了39个与六项免疫性状（血清总IgY水平、异嗜性白细胞和淋巴细胞的数量及比例、针对AIV和SRBC的抗体反应）相关的SNPs。16号染色体上跨度247kb的狭窄区域是血清总IgY浓度的一个重要数量性状位点（QTL）。