PXD000115：Npro蛋白相互作用伙伴

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD000115

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

瘟病毒N端蛋白酶Npro已被证明可通过靶向IRF3降解来迅速瓦解先天免疫反应，从而抑制细胞凋亡和干扰素产生。为了解其在这些不同反应中的作用，我们利用质谱和蛋白质组学分析鉴定了多个与该病毒蛋白相互作用的细胞因子。使用Npro进行Pull-down实验，样品经SDS凝胶电泳分离。每条泳道切成5-6个切片，切片用胰蛋白酶消化。提取肽段并在LTQ-Orbitrap（Thermo）上进行LX-MSMS分析。数据用MaxQuant（1.3.0.5）处理，并使用Mascot在Sptrembl数据库（分类：人类）中进行搜索。一个样品的所有凝胶切片合并为一次Mascot搜索。Mascot结果导入Scaffold 3.6.5。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。