Salmonella Typhimurium感染斑马鱼胚胎巨噬细胞的Bulk RNA-seq

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Abd2345970c6db5d7e08a122425b8cd246b0df44bb322eb59aa8c45c5df076f2f

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

细菌感染涉及病原体与宿主之间复杂的相互作用，感染结局并非仅由病原体清除所决定。为鉴定通过改变宿主-病原体动态来促进宿主存活的小分子，我们利用斑马鱼胚胎进行了体内化学筛选，发现3-羟基犬尿氨酸处理可保护免受致死性革兰氏阴性细菌感染。3-羟基犬尿氨酸是宿主色氨酸代谢产生的代谢物，无直接抗菌活性，但通过靶向海人藻酸敏感性谷氨酸受体限制巨噬细胞内细菌扩增，从而增强宿主存活。这些发现揭示了色氨酸代谢与海人藻酸敏感性谷氨酸受体调节免疫的新机制及其相互作用，对病理条件下免疫系统与神经系统的协调具有重要意义。通过RNA测序分析了从斑马鱼胚胎（3 dpf）分离的巨噬细胞的转录组。

简言之，按照流式细胞术部分所述的方案，从由5只纯合Tg(mpeg1:mCherry)转基因动物组成的组（每条件8-11个生物学重复）经酶消化获得的单细胞悬液中批量分离出荧光标记的细胞。采用内部改良的Smart-seq2方案结合Nextera XT文库制备试剂盒（Illumina公司，加利福尼亚州圣迭戈），从50-800个收集细胞范围内构建cDNA文库。测序前使用TapeStation 2200系统（Agilent）和Qubit荧光计（Invitrogen）评估文库大小和浓度。样品经多重标记，在NovaSeq S4 6000测序系统（Illumina）上生成50 bp的双端序列，平均每个样品产生1.03e8条reads。样品经去多重标记，代表每个……的FASTQ文件，，# 从S中分离的巨噬细胞的批量RNA-seq

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。