COMPARE综合蛋白过敏原资源
COMPARE Allergen Database 收录经过专家审核的过敏原蛋白序列及证据文件，常用于转基因作物、食品蛋白和环境蛋白的过敏原风险评估，也可用于过敏原分类和序列相似性研究。
基本信息
资源简介
COMPARE综合蛋白过敏原资源
【一句话概览】
COMPARE 是一个包含已知过敏原蛋白质序列的数据库，源自 FARRP Allergen Online 第16版的基础序列列表，每年通过 COMPARE 流程新增序列。过敏原借助基于规则的文本排序算法扫描公开序列与文献库识别，候选序列由公共领域过敏专家独立同行评审小组审核，仅在有 IgE 结合文献证据时纳入。该流程旨在满足监管机构对过敏安全评估的要求。COMPARE 还提供序列比对工具 COMPASS，支持新型食品和饲料的监管安全审查（来源 comparedatabase.org）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《COMPARE》。
【数据内容】
源站原始描述：The COMprehensive Protein Allergen REsource (COMPARE) is a database containing protein sequences of known allergens. COMPARE originated from the foundational sequence list developed in version 16 of the FARRP Allergen Online database. Each year, new sequences identified through the COMPARE process are added to this database. Allergens are identified using “rule-based” text-sorting algorithms that scan public sequence and literature repositories. Candidate sequences selected through these automat…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：综合蛋白质过敏原资源库（COMPARE）是一个包含已知过敏原蛋白质序列的数据库。COMPARE源自FARRP过敏原在线数据库第16版中建立的基础序列列表。每年，通过COMPARE流程识别的新序列都会被添加到该数据库中。过敏原的识别采用“基于规则”的文本分类算法，扫描公共序列和文献存储库。通过这些自动化方法筛选出的候选序列随后由来自公共部门的过敏学专家组成的独立同行评审小组进行审查。该小组评估证据并决定数据库的最终内容。只有当存在支持IgE结合的文献证据时，蛋白质序列才会被纳入。这些严格且有详细记录的过程（van Ree等，2021）经过精心设计，以满足监管机构对过敏安全评估的要求。COMPARE还配备了一个名为COMPASS（COMPare Analysis of Sequences with Software）的序列比较搜索工具。该工具使用户能够用其目标序列查询COMPARE数据库，并生成与已知过敏原的氨基酸序列比对。它专门设计用于支持新型食品和饲料的监管安全审查，通过实施相关标准来帮助确定是否发生了相关的序列比对。
【主题与分类】
主题标签：allergen、protein sequence、IgE-binding、allergenicity assessment、novel food、feed safety、regulatory safety、bioinformatics、sequence alignment。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://comparedatabase.org/about-compare-database/
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
暂未开放有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://comparedatabase.org/about-compare-database/
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
COMPARE 是经专家审查的蛋白过敏原序列资源，面向生物技术、食品安全和过敏原风险评估。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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