PXD000228:刺激人血小板裂解液:对照、PAR1与PAR4刺激

该数据集来自ebi.ac.uk,收录了对照、PAR1刺激与PAR4刺激的人血小板裂解液酶解产物,经二甲基标记后按1:1:1混合,再经SCX分离并对富集磷酸化肽的组分进行LC-MS/MS分析

pride
2016-05-11 更新
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时间序列分类HumanPlateletDimethyl labeledPar1Par4
PXD000228: Stimulated Human Platelet Lysate: control, PAR1 and PAR4 stimulated

基本信息

模态
时间序列
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分类
创建/更新时间
2016-05-11

资源简介

PXD000228:刺激人血小板裂解液:对照、PAR1与PAR4刺激

该数据集来自ebi.ac.uk,英文名称为PXD000228: Stimulated Human Platelet Lysate: control, PAR1 and PAR4 stimulated。数据集收录了对照、PAR1刺激与PAR4刺激的人血小板裂解液酶解产物,经二甲基标记后按1:1:1混合,再经SCX分离并对富集磷酸化肽的组分进行LC-MS/MS分析。本站将其归类于血液与淋巴系统疾病 / 其他。整体来看,该数据集围绕人血小板裂解液在PAR1与PAR4刺激条件下的蛋白质组/磷酸化蛋白质组比较展开,采用稳定同位素二甲基标记结合强阳离子交换分离与液相色谱-串联质谱的策略,为研究血小板激活相关信号与磷酸化变化提供数据基础。

【数据集背景】

该数据集关注人血小板裂解液在对照、PAR1刺激和PAR4刺激三种条件下的差异分析。PAR1与PAR4是血小板激活相关的重要受体,对二者刺激后裂解液酶解产物的比较有助于在蛋白质及磷酸化修饰层面观察不同刺激条件带来的变化。数据集主题标签包括Human、Platelet、Dimethyl labeled、Par1、Par4,并标注了Homo sapiens(human)以及相关质谱控制词汇。本站分类为血液与淋巴系统疾病 / 其他,说明其可服务于血液与淋巴系统相关研究场景。

【数据内容】

数据内容为对照、PAR1刺激和PAR4刺激的人血小板裂解液酶解产物。对照裂解液酶解肽段用“light”二甲基标记,PAR1裂解液酶解肽段用“intermediate”二甲基标记,PAR4裂解液酶解肽段用“high”二甲基标记。三种标记后的酶解产物按1:1:1比例混合,随后进行SCX分离,并对富集磷酸化肽的组分开展LC-MS/MS分析。因此,数据集包含可用于比较三种条件下肽段/磷酸化肽丰度关系的信息。

【采集与来源】

数据来源站为ebi.ac.uk。采集策略为:先分别制备对照、PAR1刺激和PAR4刺激的人血小板裂解液酶解产物,再进行light、intermediate、high二甲基标记,之后按1:1:1混合,经SCX分离,并对富集磷酸化肽的组分进行LC-MS/MS分析。源站描述未提供样本采集地点、时间、伦理审批等更多信息。

【适用场景】

该数据集适用于人血小板激活相关研究,尤其是比较对照、PAR1刺激与PAR4刺激条件下裂解液酶解肽段及磷酸化肽差异的场景。可用于方法学参考,例如二甲基标记结合SCX分离与LC-MS/MS的磷酸化蛋白质组分析流程。也可作为血液与淋巴系统疾病 / 其他分类下的数据资源,用于相关机制探索或数据再利用。源站未提供具体疾病关联、临床表型或验证实验信息。

【使用方法】

使用时可依据二甲基标记的light、intermediate、high通道区分对照、PAR1刺激和PAR4刺激来源的肽段。由于标记后按1:1:1混合,需在数据分析中考虑标记效率、通道平衡与比例压缩等因素。磷酸化肽富集组分的LC-MS/MS数据可用于磷酸化位点鉴定与定量比较。源站未提供具体软件、参数、阈值或分析流程。

【质量与限制】

源站未提供质谱仪器型号、分辨率、采集模式、重复数、鉴定数量、定量准确性、假发现率等质量指标。由于仅提供对照、PAR1和PAR4三组比较,且为体外裂解液酶解产物分析,不能直接推及完整生理或临床结论。源站未提供原始数据文件大小、格式、下载方式及许可条款。

【引用与许可】

源站未提供引用格式与许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD000228

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对对照组、PAR1刺激组和PAR4刺激组血小板裂解物酶解产物进行LC-MS/MS分析。对照组裂解物酶解肽段用“轻”二甲基标记,PAR1裂解物酶解肽段用“中”二甲基标记,PAR4裂解物酶解肽段用“重”二甲基标记。将标记后的酶解产物按1:1:1比例混合,经SCX分离,所得(磷酸肽富集的)肽段组分通过LC-MS/MS进行分析。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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