综合视网膜底片数据集

该数据集是一个包含46,064张视网膜底片图像的多模态医学影像数据集,整合了来自十个公共数据源的图像,涵盖了多种设备、种族、年龄和视网膜病变类型,主要用于支持视网膜疾病的计算机辅助诊断和人工智能算法的研究与开发,以提升疾病筛查和管理的自动化水平。

清华大学-伯克利深圳学院清华大学-伯克利深圳学院
arXiv
2024-02-27 更新
浏览 9
视网膜疾病诊断人工智能

基本信息

创建/更新时间
2024-02-27

资源简介

综合视网膜底片数据集(IRFundusSet)是由清华大学-伯克利深圳学院与深圳眼科医院合作构建的综合性视网膜图像数据集。该数据集整合了来自十个不同公共来源的46,064张视网膜底片图像,涵盖了多种成像设备、种族背景、年龄组别以及多种视网膜病变类型。在构建过程中,研究团队对图像进行了手动审查和标注,确保了数据质量和标注一致性。该数据集主要应用于视网膜疾病的计算机辅助诊断、人工智能算法(如深度学习模型)的研发与评估,旨在提升疾病筛查、诊断和管理的自动化水平与效率。

原始链接

https://github.com/bilha-analytics/IRFundusSet

访问原始数据

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下载信息

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暂未开放

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使用方式

数据集获取

git clone https://github.com/bilha-analytics/IRFundusSet.git

curl -L -o repo.zip https://github.com/bilha-analytics/IRFundusSet/archive/refs/heads/main.zip
unzip repo.zip

源站 README 摘录(使用方式)

Usage

Installation

pip install irfundusset

Data Sources

Identified datasets are in the public space and, therefore, we leave it to the researcher to access and directly download the datasets.

For testing purposes, you can download CHASEDB, which is currently the smallest source in the collection (about 3 Mb). High-Resolution Fundus (HRF) is the second smallest source (about 73Mb).

Generate integrated dataset

Once downloaded, obtain the template configuration file template_set_cohorts.ini and indicate where the datasets are located.

Then initialize your IRFundusSet data object as shown below to generated the consolidated dataset and save it to your desired location.



## 数据加载示例(图像类)

```python
from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

完整仓库:github.com/bilha-analytics/IRFundusSet

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