成人人类视网膜单细胞转录组图谱

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/3472f32d-4a33-48e2-aad5-666d4631bf4c

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

视网膜是一种特化的神经组织，能够感知光线并启动图像处理过程。尽管特定视网膜细胞的功能组织已得到充分研究，但人类许多细胞类型的分子特征仍不明确。为了全面描绘人类视网膜的分子图谱，我们对来自三名供体的20,009个细胞进行了单细胞RNA测序，并构建了一个参考转录组图谱。通过无监督聚类分析，我们鉴定出18个转录上不同的细胞群体，涵盖了所有已知的神经视网膜细胞：视杆光感受器、视锥光感受器、Müller胶质细胞、双极细胞、无长突细胞、视网膜神经节细胞、水平细胞、星形胶质细胞和小胶质细胞。我们的数据捕获了健康和推测早期退化的视杆光感受器的分子特征，并揭示了随着死后时间延长MALAT1表达的丢失，这可能暗示了MALAT1在视杆光感受器退化中的新作用。我们展示了利用该视网膜转录组图谱来基准测试多能干细胞衍生的视锥光感受器和成年Müller胶质细胞系。

这项工作提供了重要参考，对人类视网膜细胞转录图谱提出了前所未有的见解，这对于理解视网膜生物学和疾病至关重要。疾病：白内障，正常。组织：视网膜。检测方法：10x 3’ v2。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。