三种鸡盲肠内容物UHPLC-MS/MS非靶向代谢组学分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/metabolights_dataset/MTBLS15811

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究采用非靶向代谢组学方法，利用UHPLC-MS/MS（Vanquish UHPLC耦合Q Exactive HFX Orbitrap）分析三个鸡品种（文昌鸡、白耳黄鸡和隐性白鸡）的盲肠内容物样本。共分析了90个样本（每个品种30个）以及8个混合QC样本。代谢物用甲醇/乙腈（1:1，v/v）提取，数据以正离子和负离子模式采集。原始数据通过MSConvert（ProteoWizard v3.0.8789）转换为mzXML格式，并使用R XCMS包进行峰检测、保留时间校正和对齐。代谢物参照HMDB、MassBank、LipidMaps、mzCloud、KEGG及自建数据库进行注释。数据归一化采用QC-RLSC（LOESS信号校正），并过滤掉QC RSD > 30%的特征。多变量统计（PCA和OPLS-DA）使用R包ropls进行，以区分代谢轮廓。差异代谢物采用两级策略筛选：对于2 dpi，使用P < 0.05和VIP > 1.0；对于4 dpi和7 dpi，应用VIP > 1.0、|log2FC| > 1和FDR校正P < 0.05。

使用MetaboAnalyst进行通路富集分析；没有通路达到P < 0.05，P < 0.2的通路被视为趋势。品种名称映射：在商业数据集文件夹中，品种缩写为WCJ（文昌鸡）、BEJ（白耳黄鸡）和YXB（隐性白鸡）。它们分别对应本研究和手稿中使用的WCC、WEYC和RWFC。注意：相关手稿仅基于文昌鸡品种进行分析并报告结论；其他两个品种（YXB和BEJ）的数据包含在内是为了项目层面的透明度。它们未用于本手稿中呈现的分析。数据来源说明：手稿分析基于2023年商业代谢组学报告，该报告是基因

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。