PXD002591：一种测定位点特异性蛋白质O-GlcNAc糖基化动态的新型定量质谱平台

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD002591

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在过去的几十年中，人们发现蛋白质O-GlcNAc糖基化在细胞周期控制、代谢、转录调控和细胞信号传导中发挥基础性作用。然而，大规模确定体内GlcNAc动态的定量方法仍不易获得。在此，我们开发了一种方法：通过己糖胺生物合成途径，由13C6-葡萄糖生成13C标记的UDP-GlcNAc，从而对蛋白质上的O-GlcNAc修饰进行同位素标记。该代谢标记与基于定量质谱的蛋白质组学相结合，用于确定位点特异性的蛋白质O-GlcNAc糖基化周转率。首先，利用苯硼酸固相萃取和无水DMSO，开发了一种高效的O-GlcNAc肽富集方法。GlcNAc的二醇与硼酸之间接近化学计量比的反应显著提高了富集效率。此外，我们的周转率动力学模型整合了代谢组学和蛋白质组学数据，从而提高了周转率估计的准确性。这种代谢标记方法的其他优势包括可用于体内应用、直接标记O-GlcNAc位点以及提高位点鉴定的置信度。仅关注核内定位的GlcNAc修饰蛋白，我们能够从HeLa细胞核提取物中鉴定出74种蛋白质上的159个O-GlcNAc位点，并测定来自21种蛋白质的24个O-GlcNAc肽的周转率。总体而言，我们发现O-GlcNAc糖基化周转率慢于已发表的磷酸化或乙酰化周转率。尽管如此，这些速率因所修饰的蛋白质和残基不同而有很大差异。我们相信，该方法可广泛应用于揭示不同生物状态下蛋白质O-GlcNAc糖基化的周转/动态，并将为位点特异性O-GlcNAc糖基化的重要性提供更多信息，使我们能够以位点特异性的方式研究这一关键修饰的时间动态。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。