Ronneby队列PFAS-微生物组系统分析：处理后的统计与代谢建模表格

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23588499

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 13.8 MB。

数据说明

该数据集提供经过处理的统计与计算输出，用于支持研究《整合肠道微生物组分析优先揭示高暴露人群队列中与纵向PFAS消除相关的候选微生物过程》。该研究整合了瑞典Ronneby队列65名参与者的鸟枪法宏基因组图谱，其中包括47名有PFAS暴露史的个体和18名区域参考参与者。分析结合了MetaPhlAn分类学分析、HUMAnN功能通路、AGORA2衍生的代谢建模特征、统计关联检验、机器学习优先级排序以及宏基因组组装基因组（MAG）背景。所提交的表格支持对已报道的分类学、功能和代谢分析进行可重复性与解释。结果主要为探索性，并未确立经过验证的PFAS消除微生物生物标志物，也未证明微生物对PFAS的降解。原始人类相关测序读段以及受限的参与者级PFAS和临床数据未包含在内。单独的MAG提交与NCBI BioProject PRJNA1522707相关联。

分析代码可在 https://github.com/PoeticPremium6/PFAS-Microbiome 获取。经批准的原始处理后数据依据 Creative Commons Attribution 4.0 International（CC BY 4.0）许可授权，但须遵守适用的第三方权利。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。