MGYS00006795：高海拔环境对人类口腔与肠道微生物组的影响

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源站：https://ebi.ac.uk/metagenomics/studies/MGYS00006795

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数据说明

人类口腔与肠道微生物群的表型会因环境、宿主饮食、压力等多种因素而在整个生命过程中持续变化，并对人体生理、心理、代谢和免疫系统产生重大影响。其中一个因素便是高海拔（HA）等极端环境条件——这种环境非常独特、艰难且充满健康风险。登山者、骑行爱好者、游客、朝圣者、士兵和特种任务部队等前往高海拔地区的人群，比低海拔地区人群面临更高风险。然而，极端环境、压力、氧饱和度和饮食如何改变口腔与肠道微生物群并影响其组成，目前仍不清楚。在本研究中，我们采用宏基因组学方法，通过测定肠道微生物群的变化，研究了高海拔以及在不同高度停留对印度人群健康的影响。我们在四个不同时间点从个体采集粪便样本，即开始上升前、到达13000英尺后、下降至11000英尺时以及到达16000英尺至19000英尺时。样本进行了全基因组测序分析。

在成员停留于13000英尺、11000英尺及16000英尺至19000英尺期间，其口腔与肠道微生物多样性发生了显著变化，多种细菌的丰度也有所改变。在三个时间点上，口腔与肠道微生物群主要由厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、广古菌门、放线菌门及未分类微生物组成。此外，还对四个时间点所有门和属水平的微生物进行了差异分析。大多数鉴定出的微生物序列属于未分类微生物群。显然，一些代谢途径，如氨基酸、脂质和碳水化合物代谢途径，也发生了改变。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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