泌乳对牛着床启动期母胎互作的影响：对孕体转录组的影响

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE85563

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

所检验的假设是，泌乳奶牛的子宫环境会影响孕体基因表达。在产后约65-75天（dpp），对非泌乳牛（产后立即干奶：n=12）和泌乳牛（n=13）的发情周期进行同期化处理，并在第7天移植一枚源自超数排卵青年母牛的高质量囊胚。对照组为处女青年母牛（n=8），进行同期化处理、自然交配至站立发情，并与非泌乳和泌乳受体牛在同一天屠宰（第19天；发情日=第0天）。用10 ml PBS冲洗同侧子宫角，并将存在的孕体和子宫腔液（ULF）在分析前于液氮中速冻。孕体基因表达分析通过RNA测序进行，而ULF的氨基酸（aa）组成通过高效液相色谱（HPLC）测定。在非泌乳牛与青年母牛回收的孕体之间鉴定出8个差异表达基因（DEGs），而在泌乳牛与青年母牛回收的孕体之间鉴定出269个DEGs（100个上调，169个下调）。

与未泌乳或泌乳母牛相比，从育成牛回收的ULF中，aa、丙氨酸、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸、精氨酸、亮氨酸和缬氨酸的丰度显著较低。与两组母牛相比，育成牛中谷氨酸、谷氨酰胺和赖氨酸浓度最低。本研究表明，将一级胚胎暴露于曾经历与泌乳相关代谢应激的子宫环境中，会改变孕体的转录组和ULF的aa组成。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。