4月龄奶犊牛肝脏与肌肉转录组的性别二态性变化：人工授精与冻融体外生产胚胎移植比较

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE289870

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数据说明

全球每年有超过120万枚体外生产（IVP）的牛胚胎被移植，数量显著超过传统超数排卵所获胚胎，但关于此类犊牛出生及出生后发育的报道有限。体外胚胎培养所施加的条件可能导致胚胎基因组发生改变，包括转录组的变化，进而可能影响出生后的器官功能。本研究比较了4月龄雄性和雌性奶牛犊牛（通过人工授精（AI）或IVP受孕，每种性别每种处理n=4）的肝脏和肌肉转录组。采集活检组织样本并进行RNA测序处理。RNAseq数据分析显示，无论生产方式如何，雌性和雄性犊牛的肝脏转录组之间存在明显分离。此外，在雌性犊牛队列中，观察到源自IVP与AI的雌性犊牛之间存在强烈分离。

差异表达基因（DEGs）分析表明，氧化磷酸化通路下调，而强烈富集免疫系统过程的通路上调，特别是Th17细胞分化和抗原加工与呈递。对于肌肉转录组，与肝脏转录组相比，公犊与母犊之间的分离不太明显，但来源于IVP与AI的母犊之间仍存在明显分离，其中下调基因富集于p53信号通路，上调基因富集于肌肉结构发育通路。这些结果表明，来源于IVP与AI的雌性胚胎存在发育差异，这种差异在出生后表现为转录组谱的差异。总之，这些发现表明，IVP过程诱导出生后母犊肝脏和肌肉转录组发生显著改变。需要进一步探索以了解其对终生生长、健康和pr的潜在影响。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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