原代奶牛肝细胞对Val-Pro-Pro与Ile-Pro-Pro生物活性肽的转录组响应

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE348578

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数据说明

奶牛向泌乳早期的过渡以广泛脂肪组织动员和肝脏脂肪酸摄取增加为特征，这可能促成肝脏中的代谢应激和炎症信号传导。乳源生物活性三肽，包括Val-Pro-Pro（VPP）和Ile-Pro-Pro（IPP），已显示出抗炎和代谢调节特性；然而，它们对牛肝脏转录组的影响仍鲜有表征。本研究在模拟泌乳早期代谢环境的营养和脂肪酸条件下，研究了原代奶牛肝细胞对VPP和IPP的转录组反应。原代肝细胞在定制的无血清培养基中培养，培养基含有生理相关浓度的氨基酸、挥发性脂肪酸、脂肪酸、葡萄糖、胆碱、胰岛素和白蛋白。细胞用VPP或IPP（100 µM）处理，或维持在相应的对照培养基中72小时。提取总RNA并进行mRNA测序，以表征处理诱导的基因表达变化。

转录组分析显示，VPP和IPP引发了不同的基因表达响应，涉及脂质代谢、生长因子信号传导、RNA加工、蛋白质稳态以及先天免疫和干扰素信号传导等相关通路的改变。该数据集为研究乳源性VPP和IPP对原代牛肝细胞的分子效应及其在调节肝脏代谢和炎症反应中的潜在作用提供了转录组资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。