围产期奶牛肝脏精密切片检测PPAR激活及潜在靶点

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE183063

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数据说明

从营养基因组学的角度来看，奶牛在妊娠与泌乳过渡期（即围产期）所经历的代谢挑战引起了广泛关注。大量非酯化脂肪酸（NEFA）的动员导致肝脏对NEFA的摄取增加，过量的NEFA可导致肝脏脂质积累，最终形成脂肪肝。有趣的是，围产期NEFA会激活过氧化物酶体增殖物激活受体（PPAR），这是一种具有已知营养基因组学特性的转录调节因子。因此，研究围产期奶牛肝脏中PPAR的激活至关重要；然而，当前牛肝脏的体外模型不够完善，而原代肝细胞的分离既困难又容易出错。本研究旨在评估利用肝脏活检获得的精密切割肝切片（PCLS）作为围产期奶牛PPAR激活模型的可能性。实验共纳入四头奶牛，分别在产前（-10 DIM）和产后（+10 DIM）制备每头奶牛的PCLS，并用多种PPAR激动剂和拮抗剂进行处理。

通过RT-qPCR和RNAseq检测基因表达，并测定细胞内甘油三酯浓度。经PPARγ激动剂罗格列酮处理的PCLS在产后显示出典型PPAR靶基因ACADVL和LIPC的上调，而PPARδ激动剂则增加了PPAR靶基因PDK4的表达；产前未检测到基因表达变化，且不同处理间甘油三酯浓度无差异。转录组测序揭示了PPAR激动剂反应的显著差异，主要涉及脂质代谢和免疫反应相关通路。在差异表达基因中，通过将我们的结果与公开可用的预测PPAR靶基因数据集交叉参照，并补充o

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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