GSE327881:大肠杆菌对亚致死浓度工程化内溶素LNT113的生理响应
该数据集来自NCBI GEO,包含1个文件(GSE327881_series_matrix.txt.gz),记录大肠杆菌在亚致死浓度工程化内溶素LNT113暴露下的生理与转录组响应

基本信息
资源简介
GSE327881:大肠杆菌对亚致死浓度工程化内溶素LNT113的生理响应
Physiological responses of Escherichia coli to sub-lethal exposure of engineered endolysin LNT113
该数据集来自NCBI GEO,包含1个文件(GSE327881_series_matrix.txt.gz),记录大肠杆菌在亚致死浓度工程化内溶素LNT113暴露下的生理与转录组响应。研究通过RNA-Seq获得转录组数据并进行生物信息学分析,鉴定出552个差异表达基因,并用qRT-PCR验证关键基因,结合浊度降低和NPN摄取实验评估表型效应。数据可用于研究细菌对内溶素的适应与耐受机制,以及筛选相关遗传决定因素(来源 NCBI)。
【数据集背景】
源站首次发布:Apr 13 202。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):多重耐药(MDR)细菌的全球性增长对公共卫生构成严重威胁,而噬菌体来源的内溶素已成为传统抗生素的有前景替代品。本研究考察了大肠杆菌对亚致死LNT113胁迫的生理和转录组响应,并鉴定了适应与耐受所需的遗传决定因素。工程化内溶素LNT113被表达和纯化,利用RNA测序(RNA-Seq)评估亚致死暴露诱导的转录变化,随后进行生物信息学分析。关键基因通过定量实时PCR验证,表型效应通过浊度降低和1-N-苯基萘胺(NPN)摄取实验评估。转录组分析鉴定出亚致死暴露后的552个差异表达基因(DEGs)。为了在功能上表征细菌
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个,合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签:GPL18133、562。本站分类:内分泌、营养和代谢疾病。
【获取与许可】
源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE327881
【使用注意】
· 源站最后修改于 Nov 04 202,引用时请注意版本时效。
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- OpenDataLab:
数据说明
多重耐药(MDR)细菌在全球范围内的蔓延对公共卫生构成严重威胁,而噬菌体来源的内溶素已成为传统抗生素的有前景替代方案。本研究探究了大肠埃希菌对亚致死剂量LNT113胁迫的生理与转录组响应,并鉴定了适应与耐受所需的遗传决定因素。研究表达并纯化了工程化内溶素LNT113,采用RNA测序(RNA-Seq)结合生物信息学分析评估亚致死暴露诱导的转录变化。通过实时定量PCR验证关键基因,并利用浊度降低实验和1-N-苯基萘胺(NPN)摄取实验评估表型效应。转录组分析鉴定出亚致死暴露后的552个差异表达基因(DEGs)。为对细菌响应进行功能表征,分别敲除13个与应激反应和包膜维持相关的DEGs,以构建相应的突变株。
其中,ΔfabB和Δ(prmB–yfcL)突变体在亚致死剂量LNT113暴露下的存活率显著降低,表明其对内溶素的敏感性增加。为进一步研究prmB–yfcL操纵子,进行了单基因缺失以鉴定对细菌耐受性至关重要的基因。aroC和mepA的缺失导致对LNT113的敏感性增加。NPN摄取实验表明,ΔfabB、ΔaroC和ΔmepA突变体的外膜通透性升高。用pWSK129::fabB、pWSK129::aroC和pWSK129::mepA进行互补后,相应菌株的膜完整性得以恢复。这些发现表明,fabB介导的不饱和脂肪酸生物合成和mepA依赖的肽聚糖重塑对于在内溶素胁迫下维持包膜完整性至关重要,而aroC可能通过代谢适应间接促进细菌对LNT113的耐受性。总体而言,本研究提供了ins
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册(NMPA/FDA)?
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连,提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。



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