GSE327881:大肠杆菌对亚致死浓度工程化内溶素LNT113的生理响应

该数据集来自NCBI GEO,包含1个文件(GSE327881_series_matrix.txt.gz),记录大肠杆菌在亚致死浓度工程化内溶素LNT113暴露下的生理与转录组响应

geo
浏览 1
基因组分类GPL18133562
GSE327881: Physiological responses of Escherichia coli to sub-lethal exposure of engineered endolysin LNT113

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-08

资源简介

GSE327881:大肠杆菌对亚致死浓度工程化内溶素LNT113的生理响应

Physiological responses of Escherichia coli to sub-lethal exposure of engineered endolysin LNT113

该数据集来自NCBI GEO,包含1个文件(GSE327881_series_matrix.txt.gz),记录大肠杆菌在亚致死浓度工程化内溶素LNT113暴露下的生理与转录组响应。研究通过RNA-Seq获得转录组数据并进行生物信息学分析,鉴定出552个差异表达基因,并用qRT-PCR验证关键基因,结合浊度降低和NPN摄取实验评估表型效应。数据可用于研究细菌对内溶素的适应与耐受机制,以及筛选相关遗传决定因素(来源 NCBI)。

【数据集背景】

源站首次发布:Apr 13 202。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):多重耐药(MDR)细菌的全球性增长对公共卫生构成严重威胁,而噬菌体来源的内溶素已成为传统抗生素的有前景替代品。本研究考察了大肠杆菌对亚致死LNT113胁迫的生理和转录组响应,并鉴定了适应与耐受所需的遗传决定因素。工程化内溶素LNT113被表达和纯化,利用RNA测序(RNA-Seq)评估亚致死暴露诱导的转录变化,随后进行生物信息学分析。关键基因通过定量实时PCR验证,表型效应通过浊度降低和1-N-苯基萘胺(NPN)摄取实验评估。转录组分析鉴定出亚致死暴露后的552个差异表达基因(DEGs)。为了在功能上表征细菌

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个,合计 0 B。

【主题与分类】

主题标签:GPL18133、562。本站分类:内分泌、营养和代谢疾病。

【获取与许可】

源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE327881

【使用注意】

· 源站最后修改于 Nov 04 202,引用时请注意版本时效。

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付,我们提供全链路闭环服务,让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持?联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

免费样本无法满足模型训练要求?千方提供经三甲医院脱敏、带病理回证与专家标注的商业级专病数据集。

使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE327881

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

多重耐药(MDR)细菌在全球范围内的蔓延对公共卫生构成严重威胁,而噬菌体来源的内溶素已成为传统抗生素的有前景替代方案。本研究探究了大肠埃希菌对亚致死剂量LNT113胁迫的生理与转录组响应,并鉴定了适应与耐受所需的遗传决定因素。研究表达并纯化了工程化内溶素LNT113,采用RNA测序(RNA-Seq)结合生物信息学分析评估亚致死暴露诱导的转录变化。通过实时定量PCR验证关键基因,并利用浊度降低实验和1-N-苯基萘胺(NPN)摄取实验评估表型效应。转录组分析鉴定出亚致死暴露后的552个差异表达基因(DEGs)。为对细菌响应进行功能表征,分别敲除13个与应激反应和包膜维持相关的DEGs,以构建相应的突变株。

其中,ΔfabB和Δ(prmB–yfcL)突变体在亚致死剂量LNT113暴露下的存活率显著降低,表明其对内溶素的敏感性增加。为进一步研究prmB–yfcL操纵子,进行了单基因缺失以鉴定对细菌耐受性至关重要的基因。aroC和mepA的缺失导致对LNT113的敏感性增加。NPN摄取实验表明,ΔfabB、ΔaroC和ΔmepA突变体的外膜通透性升高。用pWSK129::fabB、pWSK129::aroC和pWSK129::mepA进行互补后,相应菌株的膜完整性得以恢复。这些发现表明,fabB介导的不饱和脂肪酸生物合成和mepA依赖的肽聚糖重塑对于在内溶素胁迫下维持包膜完整性至关重要,而aroC可能通过代谢适应间接促进细菌对LNT113的耐受性。总体而言,本研究提供了ins

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

需要用于商业化训练或医疗器械注册(NMPA/FDA)?

公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连,提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。